Package: libseqlib2 (1.2.0+dfsg-9)

[ Source: libseqlib  ]

C++ htslib/bwa-mem/fermi-grænseflade for interrogating sequence-data

C++-API og kommandolinjeværktøj der tilbyder en hurtig og brugervenlig grænseflade til BAM/SAM/CRAM-filer, globale sekvenssammenligningsoperationer og sekvenssamling. Fire C-biblioteker udfører de grundlæggende operationer i SeqLib: HTSlib for BAM-adgang, BWA-MEM og BLAT for sekvenssammenligning og Fermi for fejlrettelse og sekvenssamling. Sammenligninger indikerer at SeqLib har lavere cpu- og hukommelseskrav end førende C++-sekvensanalyse-API'er. Minimal SeqLib-kode kan udtrække, rette fejl og samle læsninger fra en CRAM-fil og så sammenligne med BWA-MEM. SeqLib tilyder også yderligere funktioner, inklusive kromosom-egnede intervalforespørgsler og plot med læsninger. Kommandolinjeværktøjer er tilgængelige for udførelse af integreret fejlrettelse, mikrosamlinger og sammenligning.

Tags: Role: Shared Library

Other Packages Related to libseqlib2

• dep: libc6 (>= 2.33)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libfml0 (>= 0.1+git20190320.b499514)

  Bibliotek til at samle Illumina-korte læsninger i små regioner

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, mipsel]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libjsoncpp25 (>= 1.9.5)

  Bibliotek til at læse og skrive JSON for C++

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download libseqlib2

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	158.0 kB	553.0 kB	[list of files]
arm64	137.6 kB	468.0 kB	[list of files]
armel	127.8 kB	467.0 kB	[list of files]
armhf	132.5 kB	339.0 kB	[list of files]
i386	165.4 kB	499.0 kB	[list of files]
mips64el	138.7 kB	557.0 kB	[list of files]
mipsel	139.6 kB	551.0 kB	[list of files]
ppc64el	162.4 kB	597.0 kB	[list of files]
s390x	135.7 kB	496.0 kB	[list of files]