套件：cufflinks（2.2.1+dfsg.1-8 以及其他的） [non-free]

[ 原始碼： cufflinks  ]

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

標籤: 生物學: 核酸, 領域: 生物學, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, 角色: 程式, 處理: Biological Sequence

其他與 cufflinks 有關的套件

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0)

  serialization library for C++

• dep: libboost-thread1.74.0 (>= 1.74.0)

  portable C++ multi-threading

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C 函式庫：共用函式庫
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.0) [amd64, armel, armhf]

  GCC 支援函式庫

  dep: libgcc-s1 (>= 4.1) [s390x]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ Library v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  壓縮函式庫 - 跑程式時用(runtime)

• rec: gffread

  GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

• enh: tophat

  套件暫時不可用

下載 cufflinks

下載可用於所有硬體架構的

硬體架構	版本	套件大小	安裝後大小	檔案
amd64	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1，500。5 kB	10，384。0 kB	[檔案列表]
arm64	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1，390。1 kB	9，869。0 kB	[檔案列表]
armel	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1，211。9 kB	9，133。0 kB	[檔案列表]
armhf	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1，114。3 kB	6，213。0 kB	[檔案列表]
i386	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1，522。5 kB	10，603。0 kB	[檔案列表]
mips64el	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1，561。7 kB	15，202。0 kB	[檔案列表]
mipsel	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1，500。6 kB	13，369。0 kB	[檔案列表]
ppc64el	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1，549。2 kB	13，797。0 kB	[檔案列表]
s390x	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1，314。2 kB	10，901。0 kB	[檔案列表]