Balík: cufflinks (2.2.1+dfsg.1-8 a iné) [non-free]

[ Zdroj: cufflinks  ]

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

Značky: Biológia: Nucleic Acids, Pole: Biológia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program, Works with: Biologické sekvencie

Ostatné balíky súvisiace s balíkom cufflinks

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0)

  knižnica na serializáciu pre C++

• dep: libboost-thread1.74.0 (>= 1.74.0)

  portabilný multi-threading pre C++

• dep: libc6 (>= 2.29)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.0) [amd64, armel, armhf]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.1) [s390x]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

• rec: gffread

  GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

• enh: tophat

  Balík nie je dostupný

Stiahnuť cufflinks

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,500.5 kB	10,384.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,390.1 kB	9,869.0 kB	[zoznam súborov]
armel	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,211.9 kB	9,133.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,114.3 kB	6,213.0 kB	[zoznam súborov]
i386	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,522.5 kB	10,603.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,561.7 kB	15,202.0 kB	[zoznam súborov]
mipsel	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,500.6 kB	13,369.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,549.2 kB	13,797.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,314.2 kB	10,901.0 kB	[zoznam súborov]