Paketti: cufflinks (2.2.1+dfsg.1-8 ja muut) [non-free]

[ Source: cufflinks  ]

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

Tagit: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program, Works with: Biological Sequence

Muut pakettiin cufflinks liittyvät paketit

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0)

  serialization library for C++

• dep: libboost-thread1.74.0 (>= 1.74.0)

  portable C++ multi-threading

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.0) [amd64, armel, armhf]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 4.1) [s390x]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

• rec: gffread

  GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

• enh: tophat

  Paketti ei saatavilla

Imuroi cufflinks

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,500.5 kt	10,384.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,390.1 kt	9,869.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,211.9 kt	9,133.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,114.3 kt	6,213.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,522.5 kt	10,603.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,561.7 kt	15,202.0 kt	[tiedostoluettelo]
mipsel	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,500.6 kt	13,369.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,549.2 kt	13,797.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,314.2 kt	10,901.0 kt	[tiedostoluettelo]