Пакунок: dotter (4.44.1+dfsg-7.1 and others)

[ Source: seqtools  ]

detailed comparison of two genomic sequences

Dotter is a graphical dot-matrix program for detailed comparison of two sequences.

 * Every residue in one sequence is compared to every residue in the
   other, and a matrix of scores is calculated.
 * One sequence is plotted on the x-axis and the other on the y-axis.
 * Noise is filtered out so that alignments appear as diagonal lines.
 * Pairwise scores are averaged over a sliding window to make the score
   matrix more intelligible.
 * The averaged score matrix forms a three-dimensional landscape,
   with the two sequences in two dimensions and the height of the
   peaks in the third. This landscape is projected onto two
   dimensions using a grey-scale image - the darker grey of a peak,
   the higher the score is.
 * The contrast and threshold of the grey-scale image can be adjusted
   interactively, without having to recalculate the score matrix.
 * An Alignment Tool is provided to examine the sequence alignment that
   the grey-scale image represents.
 * Known high-scoring pairs can be loaded from a GFF file and overlaid
   onto the plot.
 * Gene models can be loaded from GFF and displayed alongside the
   relevant axis.
 * Compare a sequence against itself to find internal repeats.
 * Find overlaps between multiple sequences by making a dot-plot of all
   sequences versus themselves.
 * Run Dotter in batch mode to create large, time-consuming dot-plots as
   a background process.

Tags: Interface Toolkit: GTK

Інші пакунки пов'язані з dotter

• dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, sh4]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libcairo2 (>= 1.2.4)

  Cairo 2D — бібліотека векторної графіки

• dep: libcurl4 (>= 7.16.2) [ia64]

  Легка у використанні клієнтська бібліотека передачі URL (різновид OpenSSL)

• dep: libcurl4t64 (>= 7.16.2) [not ia64]

  Легка у використанні клієнтська бібліотека передачі URL (різновид OpenSSL)

• dep: libgbtools0t64 (>= 4.44.1+dfsg)

  library for visualising sequence alignments

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, hppa, ia64, m68k, sh4]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.75.3) [ia64]

  Glib бібліотека алгоритмів на Сі

  dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.76.0) [not ia64]

• dep: libgtk2.0-0t64 (>= 2.12.0)

  GTK graphical user interface library - old version

• dep: libpango-1.0-0 (>= 1.14.0)

  Форматування та відтворення інтернаціоналізованого тексту

• dep: libpangocairo-1.0-0 (>= 1.14.0)

  Форматування та відтворення інтернаціоналізованого тексту

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

Завантажити dotter

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1+b1	591.7 kB	841.0 kB	[список файлів]
amd64	4.44.1+dfsg-7.1+b3	597.2 kB	809.0 kB	[список файлів]
arm64	4.44.1+dfsg-7.1+b3	584.7 kB	837.0 kB	[список файлів]
armel	4.44.1+dfsg-7.1+b3	576.7 kB	771.0 kB	[список файлів]
armhf	4.44.1+dfsg-7.1+b3	577.9 kB	707.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1+b2	593.2 kB	792.0 kB	[список файлів]
i386	4.44.1+dfsg-7.1+b3	604.3 kB	835.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1	621.8 kB	1,052.0 kB	[список файлів]
m68k (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1+b2	592.0 kB	811.0 kB	[список файлів]
mips64el	4.44.1+dfsg-7.1+b3	600.6 kB	924.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1+b2	602.4 kB	965.0 kB	[список файлів]
ppc64el	4.44.1+dfsg-7.1+b3	602.2 kB	901.0 kB	[список файлів]
riscv64	4.44.1+dfsg-7.1+b3	593.5 kB	757.0 kB	[список файлів]
s390x	4.44.1+dfsg-7.1+b3	593.2 kB	825.0 kB	[список файлів]
sh4 (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1+b2	607.6 kB	837.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1+b2	579.6 kB	1,555.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1+b1	597.5 kB	787.0 kB	[список файлів]