Paquet : dotter (4.44.1+dfsg-7.1 et autres)

[ Paquet source : seqtools  ]

comparaison détaillée de deux séquences génétiques

Dotter est un programme graphique de matrices de points (dot-matrix) pour comparer en détail deux séquences.

 –⋅chaque résidu d'une séquence est comparé avec chaque résidu d'une
   autre, et une matrice de scores est calculée ;
 –⋅une séquence est positionnée sur l'axe des abscisses, l'autre sur
   l'axe des ordonnées ;
 –⋅le bruit est filtré pour que les alignements apparaissent comme des
   lignes diagonales ;
 –⋅les scores par paire sont indiqués sur une fenêtre glissante pour
   rendre leur matrice plus intelligible ;
 –⋅la matrice du score moyen constitue une représentation
   tridimensionnelle, avec les deux séquences dans deux dimensions
   et la hauteur des sommets dans la troisième. Ce paysage est
   projeté en deux dimensions en utilisant une image en échelle de
   gris où plus le gris d'un sommet est sombre, plus le score est
   élevé ;
 –⋅le contraste et les contours de l'image en échelle de gris
   peuvent être ajustés de manière interactive, sans qu'il soit
   nécessaire de recalculer la matrice du score ;
 –⋅un outil d'alignement est fourni pour observer l'alignement de la
   séquence représentée par l'image en échelle de gris ;
 –⋅les paires de score élevé connues peuvent être chargées à partir
   d'un fichier GFF et superposées sur le tracé ;
 –⋅des modèles de gènes peuvent être chargés à partir de GFF puis
   affichés sur l'axe pertinent ;
 –⋅comparaison d'une séquence avec elle-même pour chercher les
   répétitions internes ;
 –⋅recherche des chevauchements entre plusieurs séquences en faisant
   un graphique de ressemblance (dot-plot) de toutes les séquences sur
   elles-mêmes ;
 –⋅fonctionnement de Dotter en mode automatique (batch) pour créer
   en tâche de fond des graphiques de ressemblance grands et
   chronophages.

Étiquettes: Boîte à outils d'interface utilisateur: GTK

Autres paquets associés à dotter

• dep: libatk1.0-0t64 (>= 1.12.4) [sparc64]

  boîte à outils d'accessibilité ATK

• dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, ia64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libcairo2 (>= 1.2.4)

  Bibliothèque graphique vectorielle Cairo 2D

• dep: libcurl4 (>= 7.16.2) [ia64]

  bibliothèque de transfert par URL côté client et simple d'utilisation - avec OpenSSL

• dep: libcurl4t64 (>= 7.16.2) [non ia64]

  bibliothèque de transfert par URL côté client et simple d'utilisation - avec OpenSSL

• dep: libfontconfig1 (>= 2.12.6) [sparc64]

  Bibliothèque de configuration de polices générique - exécutables

• dep: libfreetype6 (>= 2.2.1) [sparc64]

  moteur de fontes FreeType 2, fichiers de bibliothèques partagées

• dep: libgbtools0t64 (>= 4.44.1+dfsg)

  library for visualising sequence alignments

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, hppa, ia64, m68k, sh4]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgdk-pixbuf-2.0-0 (>= 2.22.0) [sparc64]

  bibliothèque GDK Pixbuf

• dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.75.3) [ia64]

  bibliothèque GLib de routines C

  dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.76.0) [non ia64]

• dep: libgtk2.0-0t64 (>= 2.12.0)

  bibliothèque d'interface graphique utilisateur GTK –⋅version ancienne

• dep: libharfbuzz0b (>= 0.6.0) [sparc64]

  moteur de mise en forme de texte OpenType — bibliothèque partagée

• dep: libjsoncpp26 (>= 1.9.6) [sparc64]

  library for reading and writing JSON for C++

• dep: libpango-1.0-0 (>= 1.14.0)

  Mise en place et rendu de texte internationalisé

• dep: libpangocairo-1.0-0 (>= 1.14.0)

  Mise en place et rendu de texte internationalisé

• dep: libpangoft2-1.0-0 (>= 1.14.0) [sparc64]

  Mise en place et rendu de texte internationalisé

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

Télécharger dotter

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	4.44.1+dfsg-7.1+b1	591,7 ko	841,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	4.44.1+dfsg-7.1+b2	597,1 ko	809,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	4.44.1+dfsg-7.1+b2	585,0 ko	837,0 ko	[liste des fichiers]
armel	4.44.1+dfsg-7.1+b2	576,5 ko	755,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	4.44.1+dfsg-7.1+b2	577,8 ko	699,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	4.44.1+dfsg-7.1+b1	593,1 ko	792,0 ko	[liste des fichiers]
i386	4.44.1+dfsg-7.1+b2	604,3 ko	835,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	4.44.1+dfsg-7.1	621,8 ko	1 052,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	4.44.1+dfsg-7.1+b1	592,0 ko	811,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	4.44.1+dfsg-7.1+b2	597,8 ko	924,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	4.44.1+dfsg-7.1+b1	602,3 ko	965,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	4.44.1+dfsg-7.1+b2	602,2 ko	901,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	4.44.1+dfsg-7.1+b2	593,4 ko	757,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	4.44.1+dfsg-7.1+b2	593,0 ko	825,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	4.44.1+dfsg-7.1+b1	607,6 ko	837,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	4.44.1+dfsg-7.1+b1	579,8 ko	1 555,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	4.44.1+dfsg-7.1+b1	597,5 ko	787,0 ko	[liste des fichiers]