Paket: samtools (1.21-0+exp1)

[ Kaynak: samtools  ]

Deneysel paket

Uyarı: Bu paket deneysel dağıtımdan geliyor. Bu, paketin kararsız veya hatalı olabileceği hatta veri kaybına sebep olabileceği anlamına gelmektedir. Lütfen kullanmadan önce değişim günlüğüne ve muhtemel diğer belgelendirmeye danıştığınızdan emin olun.

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Etiketler: Alan: Biyoloji, Biyoinformatik, Geliştirildiği dil: implemented-in::c, interface::commandline, Ağ: İstemci, Ağ Protokolü: FTP, protocol::http, role::program, Kapsam: Yardımcı Araç, Arayüz Araç Takımı: Ncurses TUI, Amaç: use::analysing, use::calculating, Filtreleme, Şununla çalışır: Biyolojik Dizi

samtools ile İlgili Diğer Paketler

• dep: libc6 (>= 2.34) [sh4 değil]

  GNU C Library: Shared libraries
  ayrıca şunun tarafından sağlanan bir sanal paket libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libhts3t64 (>= 1.21)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libncurses6 (>= 6)

  shared libraries for terminal handling

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  shared low-level terminfo library for terminal handling

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4 değil]

  compression library - runtime

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

samtools indir

Tüm mevcut mimariler için indir

Mimari	Paket Boyutu	Kurulu Boyut	Dosyalar
amd64	651,3 kB	1.447,0 kB	[dosya listesi]
arm64	622,2 kB	1.743,0 kB	[dosya listesi]
armel	614,0 kB	1.348,0 kB	[dosya listesi]
armhf	617,1 kB	1.164,0 kB	[dosya listesi]
hppa (resmi olmayan port)	647,0 kB	1.387,0 kB	[dosya listesi]
i386	683,2 kB	1.572,0 kB	[dosya listesi]
m68k (resmi olmayan port)	618,8 kB	1.368,0 kB	[dosya listesi]
mips64el	627,1 kB	1.894,0 kB	[dosya listesi]
ppc64 (resmi olmayan port)	665,2 kB	1.935,0 kB	[dosya listesi]
ppc64el	677,2 kB	1.935,0 kB	[dosya listesi]
riscv64	657,4 kB	1.295,0 kB	[dosya listesi]
s390x	655,6 kB	1.507,0 kB	[dosya listesi]
sh4 (resmi olmayan port)	708,7 kB	1.674,0 kB	[dosya listesi]
sparc64 (resmi olmayan port)	614,1 kB	7.771,0 kB	[dosya listesi]
x32 (resmi olmayan port)	655,4 kB	1.412,0 kB	[dosya listesi]