パッケージ: samtools (1.21-0+exp1)

[ ソース: samtools  ]

試験的な (experimental の) パッケージ

警告: このパッケージは experimental ディストリビューションのものです。つまり、おそらく不安定でバグがあり、それどころかデータの損失を起こすかもしれません。使用前には、変更履歴やその他の参照可能なドキュメントを必ず調べてください。

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, ネットワークの利用方法: クライアント, ネットワークプロトコル: FTP, protocol::http, role::program, 対象範囲: ユーティリティ, インタフェースツールキット: Ncurses TUI, 目的: use::analysing, use::calculating, フィルタリング, 取り扱い対象: 生物学的配列

その他の samtools 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.34) [sh4 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libhts3t64 (>= 1.21)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libncurses6 (>= 6)

  端末処理用共有ライブラリ

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  端末を扱う低レベルの terminfo 共有ライブラリ

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4 以外]

  圧縮ライブラリ - ランタイム

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

samtools のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	651.3 kB	1,447.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	622.2 kB	1,743.0 kB	[ファイル一覧]
armel	614.0 kB	1,348.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	617.1 kB	1,164.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	647.0 kB	1,387.0 kB	[ファイル一覧]
i386	683.2 kB	1,572.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	618.8 kB	1,368.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	627.1 kB	1,894.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	665.2 kB	1,935.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	677.2 kB	1,935.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	657.4 kB	1,295.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	655.6 kB	1,507.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	708.7 kB	1,674.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	614.1 kB	7,771.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	655.4 kB	1,412.0 kB	[ファイル一覧]