Paket: fastqtl (2.184+v7+dfsg-3)

[ Källkod: fastqtl  ]

Quantitative Trait Loci (QTL) mapper in cis for molecular phenotypes

The goal of FastQTL is to identify single-nucleotide polymorphisms (SNPs) which are significantly associated with various molecular phenotypes (i.e. expression of known genes, cytosine methylation levels, etc). It performs scans for all possible phenotype-variant pairs in cis (i.e. variants located within a specific window around a phenotype). FastQTL implements a new permutation scheme (Beta approximation) to accurately and rapidly correct for multiple-testing at both the genotype and phenotype levels.

Märken: Field: Biologi, Bioinformatics, User Interface: interface::commandline, role::program, Purpose: Analysing

Andra paket besläktade med fastqtl

• dep: libblas3

  Basic Linear Algebra Reference implementations, shared library

  eller libblas.so.3

  virtuellt paket som tillhandahålls av libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

  Boost.Iostreams Library

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

  program options library for C++

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ej armel, armhf]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1)

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU standardbibliotek v3 för C++

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: r-mathlib

  GNU R standalone mathematics library

• rec: r-cran-argparser

  GNU R command-line argument parser

• rec: r-cran-qvalue

  Paketet inte tillgängligt

• rec: r-cran-tools

  Paketet inte tillgängligt

• sug: fastqtl-doc

  QTL mapper in cis for molecular phenotypes - documentation

Hämta fastqtl

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
amd64	228,7 kbyte	772,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	197,1 kbyte	724,0 kbyte	[filförteckning]
armel	184,0 kbyte	659,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	186,6 kbyte	531,0 kbyte	[filförteckning]
i386	228,7 kbyte	767,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	194,8 kbyte	885,0 kbyte	[filförteckning]
mipsel	198,4 kbyte	879,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	245,2 kbyte	916,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	192,3 kbyte	752,0 kbyte	[filförteckning]