Balík: libjellyfish-perl (2.3.1-4 a iné)

[ Zdroj: jellyfish  ]

count k-mers in DNA sequences (Perl bindings of jellyfish)

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

This package contains the Perl bindings of jellyfish.

Značky: Software Development: Perl Development, Knižnice, Implementované v: implemented-in::c, implemented-in::perl, Role: Vývojová knižnica

Ostatné balíky súvisiace s balíkom libjellyfish-perl

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [nie hppa, ia64]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie hppa, ia64]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  podporná knižnica GCC

• dep: libunwind8 [ia64]

  nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

• dep: perl [ia64]

  Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla

  dep: perl (>= 5.38.2-2) [hppa]

  dep: perl (>= 5.40.1-2) [nie hppa, ia64]

• dep: perlapi-5.32.1 [ia64]

  Balík nie je dostupný

• dep: perlapi-5.38.2 [hppa]

  virtuálny balík poskytovaný balíkom perl-base

• dep: perlapi-5.40.1 [nie hppa, ia64]

  virtuálny balík poskytovaný balíkom perl-base

Stiahnuť libjellyfish-perl

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	2.3.1-4+b1	55.6 kB	177.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	2.3.1-4+b1	52.5 kB	229.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	2.3.1-2+b1	65.9 kB	219.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	2.3.0-12	67.0 kB	299.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	2.3.1-4+b1	50.8 kB	234.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	2.3.1-4+b1	55.8 kB	229.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	2.3.1-4+b1	56.4 kB	157.0 kB	[zoznam súborov]