Paketti: libjellyfish-perl (2.3.1-4 ja muut)

[ Source: jellyfish  ]

count k-mers in DNA sequences (Perl bindings of jellyfish)

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

This package contains the Perl bindings of jellyfish.

Tagit: Software Development: Perl Development, Kirjastot, Implemented in: implemented-in::c, implemented-in::perl, Role: Development Library

Muut pakettiin libjellyfish-perl liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [ei hppa, ia64]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ei hppa, ia64]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: perl [ia64]

  Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

  dep: perl (>= 5.38.2-2) [hppa]

  dep: perl (>= 5.40.1-2) [ei hppa, ia64]

• dep: perlapi-5.32.1 [ia64]

  Paketti ei saatavilla

• dep: perlapi-5.38.2 [hppa]

  näennäispaketti, jonka toteuttaa perl-base

• dep: perlapi-5.40.1 [ei hppa, ia64]

  näennäispaketti, jonka toteuttaa perl-base

Imuroi libjellyfish-perl

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	2.3.1-4+b1	55.6 kt	177.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	2.3.1-4+b1	52.5 kt	229.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	2.3.1-2+b1	65.9 kt	219.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	2.3.0-12	67.0 kt	299.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	2.3.1-4+b1	50.8 kt	234.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	2.3.1-4+b1	55.8 kt	229.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	2.3.1-4+b1	56.4 kt	157.0 kt	[tiedostoluettelo]