パッケージ: libjellyfish-perl (2.3.1-4 など)

[ ソース: jellyfish  ]

count k-mers in DNA sequences (Perl bindings of jellyfish)

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

This package contains the Perl bindings of jellyfish.

タグ: ソフトウェア開発: Perl での開発, ライブラリ, 実装言語: implemented-in::c, implemented-in::perl, 役割: 開発ライブラリ

その他の libjellyfish-perl 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [hppa, ia64 以外]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [hppa, ia64 以外]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: perl [ia64]

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

  dep: perl (>= 5.38.2-2) [hppa]

  dep: perl (>= 5.40.0-8) [hppa, ia64 以外]

• dep: perlapi-5.32.1 [ia64]

  パッケージは利用できません

• dep: perlapi-5.38.2 [hppa]

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: perl-base

• dep: perlapi-5.40.0 [hppa, ia64 以外]

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: perl-base

libjellyfish-perl のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	2.3.1-4	55.4 kB	176.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2.3.1-4	52.5 kB	228.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	2.3.1-2+b1	65.9 kB	219.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	2.3.0-12	67.0 kB	299.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2.3.1-4	50.5 kB	233.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2.3.1-4	55.5 kB	228.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	2.3.1-4	56.1 kB	156.0 kB	[ファイル一覧]