Balík: maq (0.7.1-9)

[ Zdroj: maq  ]

maps short fixed-length polymorphic DNA sequence reads to reference sequences

Maq (short for Mapping and Assembly with Quality) builds mapping assemblies from short reads generated by the next-generation sequencing machines. It was particularly designed for Illumina-Solexa 1G Genetic Analyzer, and has a preliminary functionality to handle ABI SOLiD data. Maq is previously known as mapass2.

Developmemt of Maq stopped in 2008. Its successors are BWA and SAMtools.

Značky: Pole: Biológia, Bioinformatika, Implementované v: implemented-in::c++, implemented-in::perl, User Interface: Príkazový riadok, Role: role::program, scope::utility, Purpose: Need an extra tag, Analyzovanie, use::comparing, use::searching, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Ostatné balíky súvisiace s balíkom maq

• dep: libc6 (>= 2.29)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [nie amd64, armel, armhf, s390x]

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

• sug: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Stiahnuť maq

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	295.7 kB	543.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	286.7 kB	519.0 kB	[zoznam súborov]
armel	285.5 kB	530.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	286.9 kB	474.0 kB	[zoznam súborov]
i386	306.2 kB	575.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	296.9 kB	578.0 kB	[zoznam súborov]
mipsel	303.5 kB	577.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	304.8 kB	647.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	288.4 kB	547.0 kB	[zoznam súborov]