Balík: maq (0.7.1-8)

[ Zdroj: maq  ]

maps short fixed-length polymorphic DNA sequence reads to reference sequences

Maq (short for Mapping and Assembly with Quality) builds mapping assemblies from short reads generated by the next-generation sequencing machines. It was particularly designed for Illumina-Solexa 1G Genetic Analyzer, and has a preliminary functionality to handle ABI SOLiD data. Maq is previously known as mapass2.

Developmemt of Maq stopped in 2008. Its successors are BWA and SAMtools.

Značky: Pole: Biológia, Bioinformatika, Implementované v: implemented-in::c++, implemented-in::perl, User Interface: Príkazový riadok, Role: role::program, scope::utility, Purpose: Need an extra tag, Analyzovanie, use::comparing, use::searching, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Ostatné balíky súvisiace s balíkom maq

• dep: libc6 (>= 2.27)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [arm64, i386]

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

• sug: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Stiahnuť maq

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	305.4 kB	553.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	293.7 kB	521.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	302.6 kB	492.0 kB	[zoznam súborov]
i386	319.8 kB	609.0 kB	[zoznam súborov]