パッケージ: maq (0.7.1-9)

[ ソース: maq  ]

maps short fixed-length polymorphic DNA sequence reads to reference sequences

Maq (short for Mapping and Assembly with Quality) builds mapping assemblies from short reads generated by the next-generation sequencing machines. It was particularly designed for Illumina-Solexa 1G Genetic Analyzer, and has a preliminary functionality to handle ABI SOLiD data. Maq is previously known as mapass2.

Developmemt of Maq stopped in 2008. Its successors are BWA and SAMtools.

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c++, implemented-in::perl, ユーザインタフェース: コマンドライン, 役割: role::program, scope::utility, 目的: 追加のタグが必要, 解析, use::comparing, use::searching, サポート形式: 追加のタグが必要, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

その他の maq 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [amd64, armel, armhf, s390x 以外]

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

• sug: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

maq のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	295.7 kB	543.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	286.7 kB	519.0 kB	[ファイル一覧]
armel	285.5 kB	530.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	286.9 kB	474.0 kB	[ファイル一覧]
i386	306.2 kB	575.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	296.9 kB	578.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	303.5 kB	577.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	304.8 kB	647.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	288.4 kB	547.0 kB	[ファイル一覧]