Пакет: miniasm (0.3+dfsg-4 и другие)

[ Источник: miniasm  ]

ultrafast de novo assembler for long noisy DNA sequencing reads

Miniasm is an experimental very fast OLC-based de novo assembler for noisy long reads. It takes all-vs-all read self-mappings (typically by minimap) as input and outputs an assembly graph in the GFA format. Different from mainstream assemblers, miniasm does not have a consensus step. It simply concatenates pieces of read sequences to generate the final unitig sequences. Thus the per-base error rate is similar to the raw input reads.

Теги: Биология: Нуклеиновые кислоты, Область: Биология, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, Пользовательский интерфейс: Командная строка, Роль: role::program, science::calculation, Цель: Вычислительный, use::comparing, works-with::biological-sequence

Другие пакеты, относящиеся к miniasm

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  библиотека сжатия

• rec: minimap

  tool for approximate mapping of long biosequences such as DNA reads

Загрузка miniasm

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	0.3+dfsg-4	29,2 Кб	71,0 Кб	[список файлов]
arm64	0.3+dfsg-4	26,4 Кб	82,0 Кб	[список файлов]
armel	0.3+dfsg-4	27,7 Кб	82,0 Кб	[список файлов]
armhf	0.3+dfsg-4	26,3 Кб	82,0 Кб	[список файлов]
i386	0.3+dfsg-4	31,2 Кб	78,0 Кб	[список файлов]
mips64el	0.3+dfsg-4	29,7 Кб	86,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	0.3+dfsg-4	31,9 Кб	83,0 Кб	[список файлов]
riscv64	0.3+dfsg-4+b1	29,9 Кб	60,0 Кб	[список файлов]
s390x	0.3+dfsg-4	28,4 Кб	70,0 Кб	[список файлов]