Paket: miniasm (0.3+dfsg-4 och andra)

[ Källkod: miniasm  ]

ultrafast de novo assembler for long noisy DNA sequencing reads

Miniasm is an experimental very fast OLC-based de novo assembler for noisy long reads. It takes all-vs-all read self-mappings (typically by minimap) as input and outputs an assembly graph in the GFA format. Different from mainstream assemblers, miniasm does not have a consensus step. It simply concatenates pieces of read sequences to generate the final unitig sequences. Thus the per-base error rate is similar to the raw input reads.

Märken: Biologi: Nucleic Acids, Field: Biologi, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, User Interface: Command Line, Role: role::program, science::calculation, Purpose: Calculating, use::comparing, works-with::biological-sequence

Andra paket besläktade med miniasm

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressionsbibliotek - körtidspaket

• rec: minimap

  tool for approximate mapping of long biosequences such as DNA reads

Hämta miniasm

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
amd64	0.3+dfsg-4	29,2 kbyte	71,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	0.3+dfsg-4+b1	27,2 kbyte	84,0 kbyte	[filförteckning]
armel	0.3+dfsg-4	27,7 kbyte	82,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	0.3+dfsg-4	26,3 kbyte	82,0 kbyte	[filförteckning]
i386	0.3+dfsg-4	31,2 kbyte	78,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	0.3+dfsg-4	29,7 kbyte	86,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	0.3+dfsg-4	31,9 kbyte	83,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	0.3+dfsg-4+b1	29,9 kbyte	60,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	0.3+dfsg-4	28,4 kbyte	70,0 kbyte	[filförteckning]