Пакет: bitseq (0.7.5+dfsg-6)

[ Источник: bitseq  ]

Bayesian Inference of Transcripts from Sequencing Data

BitSeq is an application for inferring expression levels of individual transcripts from sequencing (RNA-Seq) data and estimating differential expression (DE) between conditions. An advantage of this approach is the ability to account for both technical uncertainty and intrinsic biological variance in order to avoid false DE calls. The technical contribution to the uncertainty comes both from finite read-depth and the possibly ambiguous mapping of reads to multiple transcripts.

Другие пакеты, относящиеся к bitseq

• dep: libc6 (>= 2.29)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, i386, s390x]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, mips64el]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  библиотека сжатия

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Загрузка bitseq

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	337,2 Кб	1 927,0 Кб	[список файлов]
arm64	298,0 Кб	1 691,0 Кб	[список файлов]
armel	282,4 Кб	1 606,0 Кб	[список файлов]
armhf	286,8 Кб	1 158,0 Кб	[список файлов]
i386	362,5 Кб	2 022,0 Кб	[список файлов]
mips64el	320,9 Кб	2 167,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	343,5 Кб	2 471,0 Кб	[список файлов]
s390x	297,6 Кб	1 955,0 Кб	[список файлов]