Paquet : bitseq (0.7.5+dfsg-6 et autres)

[ Paquet source : bitseq  ]

inférence bayésienne de transcripts à partir de données de séquençage

BitSeq est une application pour inférer des niveaux d’expression de transcripts individuels depuis des données de séquençage (RNA-Seq) et pour estimer l’expression différentielle (DE) entre des « conditions ». Un avantage de cette approche est la capacité d’expliquer l’incertitude technique et la variance biologique pour éviter de faux appels DE. La contribution technique à l’incertitude vient depuis la profondeur de lecture finie et la correspondance potentiellement ambiguë de lectures depuis plusieurs transcripts.

Autres paquets associés à bitseq

• dep: libc6 (>= 2.29) [non arm64, riscv64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, i386, s390x]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, mips64el, riscv64]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11) [arm64, riscv64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [non arm64, riscv64]

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Bibliothèque de compression - binaires

• sug: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	0.7.5+dfsg-6	337,2 ko	1 927,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.7.5+dfsg-6+b1	305,1 ko	2 216,0 ko	[liste des fichiers]
armel	0.7.5+dfsg-6	282,4 ko	1 606,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	0.7.5+dfsg-6	286,8 ko	1 158,0 ko	[liste des fichiers]
i386	0.7.5+dfsg-6	362,5 ko	2 022,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	0.7.5+dfsg-6	320,9 ko	2 167,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.7.5+dfsg-6	343,5 ko	2 471,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	0.7.5+dfsg-6+b2	335,9 ko	1 440,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	0.7.5+dfsg-6	297,6 ko	1 955,0 ko	[liste des fichiers]