Пакет: megadepth (1.2.0-4 и други)

[ Източник: megadepth  ]

computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

A major concern for the interpretation of DNA and RNA (!) sequencing is the number of reads that cover a particular area. This package has interesting statistics for the distinction of coding and non-coding parts of the genome and knows how to interpret transcripts that span multiple exons.

This package is a successor of the program 'bamcount'.

Други пакети, свързани с megadepth

• dep: libbigwig0t64 (>= 0.4.6)

  C library for handling bigWig files

• dep: libc6 (>= 2.34) [не arm64]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, i386, riscv64]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ Library v3

• sug: r-bioc-megadepth

  BioCOnductor BigWig and BAM related utilities

Изтегляне на megadepth

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
amd64	1.2.0-4+b1	81,0 кБ	275,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	1.2.0-4+b2	72,4 кБ	275,0 кБ	[списък на файловете]
armel	1.2.0-4+b1	70,9 кБ	234,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	1.2.0-4+b1	72,5 кБ	178,0 кБ	[списък на файловете]
i386	1.2.0-4+b1	84,1 кБ	274,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	1.2.0-4+b1	71,9 кБ	282,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	1.2.0-4+b1	83,3 кБ	339,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	1.2.0-4+b2	79,8 кБ	219,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	1.2.0-4+b1	82,1 кБ	271,0 кБ	[списък на файловете]