Paket: megadepth (1.2.0-4 und andere)

[ Quellcode: megadepth  ]

computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

A major concern for the interpretation of DNA and RNA (!) sequencing is the number of reads that cover a particular area. This package has interesting statistics for the distinction of coding and non-coding parts of the genome and knows how to interpret transcripts that span multiple exons.

This package is a successor of the program 'bamcount'.

Andere Pakete mit Bezug zu megadepth

• dep: libbigwig0t64 (>= 0.4.6)

  C library for handling bigWig files

• dep: libc6 (>= 2.34) [nicht arm64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht armel, armhf, i386, riscv64]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• sug: r-bioc-megadepth

  BioCOnductor BigWig and BAM related utilities

megadepth herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	1.2.0-4+b1	81,0 kB	275,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.2.0-4+b2	72,4 kB	275,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1.2.0-4+b1	70,9 kB	234,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1.2.0-4+b1	72,5 kB	178,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1.2.0-4+b1	84,1 kB	274,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.2.0-4+b1	71,9 kB	282,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.2.0-4+b1	83,3 kB	339,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.2.0-4+b2	79,8 kB	219,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.2.0-4+b1	82,1 kB	271,0 kB	[Liste der Dateien]