Pacote: sumatra (1.0.36+ds-2 e outros)

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Mantenedores(as):

Debian Med Packaging Team (QA Página, E-mail Arquivo)
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Andreas Tille (QA Página)
Pierre Gruet (QA Página)

Fontes externas:

Pagina principal [metabarcoding.org]

Pacotes similares:

fast and exact comparison and clustering of sequences

With the development of next-generation sequencing, efficient tools are needed to handle millions of sequences in reasonable amounts of time. Sumatra is a program developed by the LECA. Sumatra aims to compare sequences in a way that is fast and exact at the same time. This tool has been developed to be adapted to the type of data generated by DNA metabarcoding, i.e. entirely sequenced, short markers. Sumatra computes the pairwise alignment scores from one dataset or between two datasets, with the possibility to specify a similarity threshold under which pairs of sequences that have a lower similarity are not reported. The output can then go through a classification process with programs such as MCL or MOTHUR.

Outros pacotes relacionados a sumatra

depende

recomenda

sugere

melhora

dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.33) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

dep: libc6 (>= 2.36) [loong64]

dep: libc6 (>= 2.7) [não alpha, arm64, ia64, loong64, ppc64el, riscv64, sh4, x32]
dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]
dep: libsuma1 (>= 1.0.35)

shared library for sumatra and sumaclust
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [loong64, sparc64]

biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

Download de sumatra

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis
Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	1.0.36+ds-2	78.7 kB	176.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	1.0.36+ds-2	78.5 kB	136.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1.0.36+ds-2	77.8 kB	175.0 kB	[lista de arquivos]
armel	1.0.36+ds-2	78.9 kB	175.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	1.0.36+ds-2	78.0 kB	175.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	1.0.36+ds-2	79.7 kB	132.0 kB	[lista de arquivos]
i386	1.0.36+ds-2	78.6 kB	135.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	1.0.36+ds-2	81.2 kB	143.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	1.0.36+ds-2	77.6 kB	144.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	1.0.36+ds-2	77.6 kB	135.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	1.0.36+ds-2	78.1 kB	176.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	1.0.36+ds-2	79.1 kB	240.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	1.0.36+ds-2	79.0 kB	176.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	1.0.36+ds-2+b1	78.1 kB	129.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	1.0.36+ds-2	78.1 kB	131.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	1.0.36+ds-2	79.0 kB	175.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	1.0.36+ds-2	77.7 kB	1,136.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	1.0.36+ds-2	78.6 kB	135.0 kB	[lista de arquivos]