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[ Fonte: augustus  ]

gene prediction in eukaryotic genomes

AUGUSTUS is a software for gene prediction in eukaryotic genomic sequences that is based on a generalized hidden Markov model (HMM), a probabilistic model of a sequence and its gene structure. After learning gene structures from a reference annotation, AUGUSTUS uses the HMM to recognize genes in a new sequence and annotates it with the regions of identified genes. External hints, e.g. from RNA sequencing, EST or protein alignments etc. can be used to guide and improve the gene finding process. The result is the set of most likely gene structures that comply with all given user constraints, if such gene structures exist. AUGUSTUS already includes prebuilt HMMs for many species, as well as scripts to train custom models using annotated genomes.

Etiquetas: Campo: Biologia, Bioinformática, Implementado em: implemented-in::c++, interface::commandline, Função: Programa, Ciência: science::calculation, scope::utility, Kit de ferramentas de interface: Ncurses TUI, Propósito: use::analysing, works-with::biological-sequence

Outros pacotes relacionados a augustus

• dep: augustus-data

  data files for AUGUSTUS

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [ia64]

  Pacote não disponível

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [não ia64]

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  biblioteca Boost.Iostreams

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0) [não ia64]

  biblioteca Boost.Iostreams

• dep: libc6 (>= 2.38) [não alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libcolamd2 (>= 1:4.5.2) [ia64]

  Pacote não disponível

• dep: libcolamd3 (>= 1:7.0.1) [não ia64]

  column approximate minimum degree ordering library for sparse matrices

• dep: libgcc-s1 (>= 14.2.0-19) [loong64]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, ppc64, ppc64el, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgsl25 (>= 2.6) [ia64]

  Pacote não disponível

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [não ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libhts3 (>= 1.10) [ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [não ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libmariadb3 (>= 3.0.0)

  MariaDB database client library

• dep: libmysql++3t64 [não ia64]

  MySQL C++ library bindings (runtime)

• dep: libmysql++3v5 (>= 3.2.5-1~) [ia64]

  MySQL C++ library bindings (runtime)

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  biblioteca compartilhada SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [não ia64, m68k]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• rec: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• sug: cdbfasta

  Constant DataBase indexing and retrieval tools for multi-FASTA files

• sug: diamond-aligner

  accelerated BLAST compatible local sequence aligner

• sug: libdbd-mysql-perl

  Perl5 database interface to the MariaDB/MySQL database

• sug: libfile-which-perl

  Perl module for searching paths for executable programs

• sug: libparallel-forkmanager-perl

  simple parallel processing fork manager for Perl

• sug: libyaml-perl

  YAML Ain't Markup Language

• sug: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

Download de augustus

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Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	3.5.0+dfsg-5	1,909.9 kB	13,142.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	3.5.0+dfsg-5	2,122.6 kB	11,588.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	3.5.0+dfsg-5	1,824.3 kB	11,066.0 kB	[lista de arquivos]
armel	3.5.0+dfsg-5	1,797.4 kB	11,293.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	3.5.0+dfsg-5	1,727.4 kB	8,349.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	3.5.0+dfsg-5	1,830.8 kB	10,721.0 kB	[lista de arquivos]
i386	3.5.0+dfsg-5	2,193.9 kB	12,400.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	3.4.0+dfsg2-3	2,170.0 kB	21,090.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	3.5.0+dfsg-5	1,897.2 kB	11,510.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	3.5.0+dfsg-5	1,908.2 kB	11,004.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	3.5.0+dfsg-5	1,895.9 kB	14,512.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	3.5.0+dfsg-5	1,990.5 kB	14,650.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	3.5.0+dfsg-5	1,997.9 kB	13,754.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	3.5.0+dfsg-5	2,074.2 kB	9,126.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	3.5.0+dfsg-5	2,014.2 kB	12,293.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	3.5.0+dfsg-5	2,156.0 kB	10,986.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	3.5.0+dfsg-5	1,679.2 kB	22,588.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	3.5.0+dfsg-5	2,134.1 kB	11,134.0 kB	[lista de arquivos]