Пакунок: augustus (3.5.0+dfsg-5 and others)

[ Source: augustus  ]

gene prediction in eukaryotic genomes

AUGUSTUS is a software for gene prediction in eukaryotic genomic sequences that is based on a generalized hidden Markov model (HMM), a probabilistic model of a sequence and its gene structure. After learning gene structures from a reference annotation, AUGUSTUS uses the HMM to recognize genes in a new sequence and annotates it with the regions of identified genes. External hints, e.g. from RNA sequencing, EST or protein alignments etc. can be used to guide and improve the gene finding process. The result is the set of most likely gene structures that comply with all given user constraints, if such gene structures exist. AUGUSTUS already includes prebuilt HMMs for many species, as well as scripts to train custom models using annotated genomes.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Наука: science::calculation, scope::utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, works-with::biological-sequence

Інші пакунки пов'язані з augustus

• dep: augustus-data

  data files for AUGUSTUS

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [ia64]

  Пакунок недоступний

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [not ia64]

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  Бібліотека Boost.Iostreams

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0) [not ia64]

  Бібліотека Boost.Iostreams

• dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, loong64, sh4]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libcolamd2 (>= 1:4.5.2) [ia64]

  Пакунок недоступний

• dep: libcolamd3 (>= 1:7.0.1) [not ia64]

  column approximate minimum degree ordering library for sparse matrices

• dep: libgcc-s1 (>= 14.2.0-19) [loong64]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, ppc64, ppc64el, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgsl25 (>= 2.6) [ia64]

  Пакунок недоступний

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [not ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libhts3 (>= 1.10) [ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [not ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libmariadb3 (>= 3.0.0)

  Клієнтська бібліотека бази даних MariaDB

• dep: libmysql++3t64 [not ia64]

  MySQL C++ library bindings (runtime)

• dep: libmysql++3v5 (>= 3.2.5-1~) [ia64]

  MySQL C++ library bindings (runtime)

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  Колективна бібліотека SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k]

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [not ia64, m68k]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• rec: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• sug: cdbfasta

  Constant DataBase indexing and retrieval tools for multi-FASTA files

• sug: diamond-aligner

  accelerated BLAST compatible local sequence aligner

• sug: libdbd-mysql-perl

  Perl5 database interface to the MariaDB/MySQL database

• sug: libfile-which-perl

  Perl module for searching paths for executable programs

• sug: libparallel-forkmanager-perl

  simple parallel processing fork manager for Perl

• sug: libyaml-perl

  YAML Ain't Markup Language

• sug: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

Завантажити augustus

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	3.5.0+dfsg-5	1,909.9 kB	13,142.0 kB	[список файлів]
amd64	3.5.0+dfsg-5	2,122.6 kB	11,588.0 kB	[список файлів]
arm64	3.5.0+dfsg-5	1,824.3 kB	11,066.0 kB	[список файлів]
armel	3.5.0+dfsg-5	1,797.4 kB	11,293.0 kB	[список файлів]
armhf	3.5.0+dfsg-5	1,727.4 kB	8,349.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	3.5.0+dfsg-5	1,830.8 kB	10,721.0 kB	[список файлів]
i386	3.5.0+dfsg-5	2,193.9 kB	12,400.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	3.4.0+dfsg2-3	2,170.0 kB	21,090.0 kB	[список файлів]
loong64 (unofficial port)	3.5.0+dfsg-5	1,897.2 kB	11,510.0 kB	[список файлів]
m68k (unofficial port)	3.5.0+dfsg-5	1,908.2 kB	11,004.0 kB	[список файлів]
mips64el	3.5.0+dfsg-5	1,895.9 kB	14,512.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	3.5.0+dfsg-5	1,990.5 kB	14,650.0 kB	[список файлів]
ppc64el	3.5.0+dfsg-5	1,997.9 kB	13,754.0 kB	[список файлів]
riscv64	3.5.0+dfsg-5	2,074.2 kB	9,126.0 kB	[список файлів]
s390x	3.5.0+dfsg-5	2,014.2 kB	12,293.0 kB	[список файлів]
sh4 (unofficial port)	3.5.0+dfsg-5	2,156.0 kB	10,986.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	3.5.0+dfsg-5	1,679.2 kB	22,588.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	3.5.0+dfsg-5	2,134.1 kB	11,134.0 kB	[список файлів]