Package: augustus (3.5.0+dfsg-4 and others)

[ Source: augustus  ]

predizione di geni in genomi di eucarioti

AUGUSTUS è un software per la predizione di geni in sequenze genomiche di eucarioti che è basato su un modello di Markov nascosto (HMM) generalizzato, un modello probabilistico di una sequenza e della sua struttura di geni. Dopo aver appreso le strutture dei geni da una annotazione di riferimento, AUGUSTUS usa l'HMM per riconoscere i geni in una nuova sequenza e la annota con le regioni di geni identificati. Suggerimenti esterni, es. dal sequenziamento di RNA, EST o allineamenti di proteine, ecc., possono essere usati per guidare e migliorare il processo di ricerca dei geni. Il risultato è l'insieme delle strutture di geni più probabili che rispettano tutti i vincoli dati dall'utente, se tali strutture di geni esistono. AUGUSTUS include già HMM pronti per molte specie e script per istruire modelli personalizzati usando genomi annotati.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Science: science::calculation, scope::utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to augustus

• dep: augustus-data

  file dei dati per AUGUSTUS

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [ia64]

  Package not available

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [not ia64]

  libreria dinamica per manipolare file BAM (allineamento di genoma)

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  libreria Boost.Iostreams

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0) [not ia64]

  libreria Boost.Iostreams

• dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libcolamd2 (>= 1:4.5.2) [ia64]

  Package not available

• dep: libcolamd3 (>= 1:7.0.1) [not ia64]

  libreria di ordinamento COLAMD per matrici sparse

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, ppc64, ppc64el, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgsl25 (>= 2.6) [ia64]

  Package not available

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [not ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- pacchetto della libreria

• dep: libgslcblas0 (>= 2.8) [sparc64]

  libreria scientifica GNU (GSL) -- pacchetto di libreria blas

• dep: libhts3 (>= 1.10) [ia64]

  libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [not ia64]

  libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni

• dep: libmariadb3 (>= 3.0.0)

  libreria client del database MariaDB

• dep: libmysql++3t64 [not ia64]

  libreria C++ di collegamento per MySQL (runtime)

• dep: libmysql++3v5 (>= 3.2.5-1~) [ia64]

  libreria C++ di collegamento per MySQL (runtime)

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  libreria condivisa SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k, sh4]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [not ia64, m68k, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  libreria di compressione - runtime

• rec: samtools

  elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

• sug: cdbfasta

  strumenti Constant DataBase per indicizzazione e recupero per file multi-FASTA

• sug: diamond-aligner

  allineatore di sequenze locali accelerato compatibile con BLAST

• sug: libdbd-mysql-perl

  Interfaccia Perl5 per database MariaDB/MySQL

• sug: libfile-which-perl

  modulo Perl per cercare programmi eseguibili nel PATH

• sug: libparallel-forkmanager-perl

  simple parallel processing fork manager for Perl

• sug: libyaml-perl

  YAML non è un linguaggio di Markup

• sug: python3-biopython

  libreria Python 3 per bioinformatica

Download augustus

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	3.5.0+dfsg-4+b5	1,897.4 kB	13,079.0 kB	[list of files]
amd64	3.5.0+dfsg-4+b5	2,116.0 kB	11,565.0 kB	[list of files]
arm64	3.5.0+dfsg-4+b5	1,816.6 kB	11,067.0 kB	[list of files]
armel	3.5.0+dfsg-4+b5	1,796.0 kB	10,806.0 kB	[list of files]
armhf	3.5.0+dfsg-4+b5	1,722.3 kB	7,710.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	3.5.0+dfsg-4	1,832.3 kB	10,726.0 kB	[list of files]
i386	3.5.0+dfsg-4+b5	2,191.2 kB	12,357.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	3.4.0+dfsg2-3	2,170.0 kB	21,090.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	3.5.0+dfsg-4+b4	1,912.3 kB	11,046.0 kB	[list of files]
mips64el	3.5.0+dfsg-4+b5	1,860.1 kB	14,385.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	3.5.0+dfsg-4	1,991.9 kB	14,650.0 kB	[list of files]
ppc64el	3.5.0+dfsg-4+b5	1,998.1 kB	13,755.0 kB	[list of files]
riscv64	3.5.0+dfsg-4+b6	2,066.9 kB	9,123.0 kB	[list of files]
s390x	3.5.0+dfsg-4+b5	2,013.5 kB	12,262.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	3.5.0+dfsg-4+b4	2,102.5 kB	10,796.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	3.5.0+dfsg-4	1,681.8 kB	22,589.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	3.5.0+dfsg-4+b5	2,133.1 kB	11,143.0 kB	[list of files]