パッケージ: augustus (3.5.0+dfsg-4 など)

[ ソース: augustus  ]

gene prediction in eukaryotic genomes

AUGUSTUS is a software for gene prediction in eukaryotic genomic sequences that is based on a generalized hidden Markov model (HMM), a probabilistic model of a sequence and its gene structure. After learning gene structures from a reference annotation, AUGUSTUS uses the HMM to recognize genes in a new sequence and annotates it with the regions of identified genes. External hints, e.g. from RNA sequencing, EST or protein alignments etc. can be used to guide and improve the gene finding process. The result is the set of most likely gene structures that comply with all given user constraints, if such gene structures exist. AUGUSTUS already includes prebuilt HMMs for many species, as well as scripts to train custom models using annotated genomes.

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c++, interface::commandline, 役割: プログラム, 科学: science::calculation, scope::utility, インタフェースツールキット: Ncurses TUI, 目的: use::analysing, works-with::biological-sequence

その他の augustus 関連パッケージ

• dep: augustus-data

  data files for AUGUSTUS

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [ia64]

  パッケージは利用できません

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [ia64 以外]

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  Boost.Iostreams ライブラリ

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0) [ia64 以外]

  Boost.Iostreams ライブラリ

• dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [alpha, ia64, sh4 以外]

• dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libcolamd2 (>= 1:4.5.2) [ia64]

  パッケージは利用できません

• dep: libcolamd3 (>= 1:7.0.1) [ia64 以外]

  column approximate minimum degree ordering library for sparse matrices

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, ppc64, ppc64el, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgsl25 (>= 2.6) [ia64]

  パッケージは利用できません

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [ia64 以外]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgslcblas0 (>= 2.8) [sparc64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package

• dep: libhts3 (>= 1.10) [ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ia64 以外]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libmariadb3 (>= 3.0.0)

  MariaDB database client library

• dep: libmysql++3t64 [ia64 以外]

  MySQL C++ library bindings (runtime)

• dep: libmysql++3v5 (>= 3.2.5-1~) [ia64]

  MySQL C++ library bindings (runtime)

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  SQLite 3 共有ライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k, sh4]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [ia64, m68k, sh4 以外]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  圧縮ライブラリ - ランタイム

• rec: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• sug: cdbfasta

  Constant DataBase indexing and retrieval tools for multi-FASTA files

• sug: diamond-aligner

  accelerated BLAST compatible local sequence aligner

• sug: libdbd-mysql-perl

  Perl5 database interface to the MariaDB/MySQL database

• sug: libfile-which-perl

  Perl module for searching paths for executable programs

• sug: libparallel-forkmanager-perl

  simple parallel processing fork manager for Perl

• sug: libyaml-perl

  YAML Ain't Markup Language

• sug: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

augustus のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	3.5.0+dfsg-4+b5	1,897.4 kB	13,079.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	3.5.0+dfsg-4+b5	2,116.0 kB	11,565.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	3.5.0+dfsg-4+b5	1,816.6 kB	11,067.0 kB	[ファイル一覧]
armel	3.5.0+dfsg-4+b5	1,796.0 kB	10,806.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	3.5.0+dfsg-4+b5	1,722.3 kB	7,710.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	3.5.0+dfsg-4	1,832.3 kB	10,726.0 kB	[ファイル一覧]
i386	3.5.0+dfsg-4+b5	2,191.2 kB	12,357.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	3.4.0+dfsg2-3	2,170.0 kB	21,090.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	3.5.0+dfsg-4+b4	1,912.3 kB	11,046.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	3.5.0+dfsg-4+b5	1,860.1 kB	14,385.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	3.5.0+dfsg-4	1,991.9 kB	14,650.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	3.5.0+dfsg-4+b5	1,998.1 kB	13,755.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	3.5.0+dfsg-4+b6	2,066.9 kB	9,123.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	3.5.0+dfsg-4+b5	2,013.5 kB	12,262.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	3.5.0+dfsg-4+b4	2,102.5 kB	10,796.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	3.5.0+dfsg-4	1,681.8 kB	22,589.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	3.5.0+dfsg-4+b5	2,133.1 kB	11,143.0 kB	[ファイル一覧]