Pacote: gmap (2021-12-17+ds-3)

[ Fonte: gmap  ]

spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads

This package contains the programs GMAP and GSNAP as well as utilities to manage genome databases in GMAP/GSNAP format. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) is a tool for aligning EST, mRNA and cDNA sequences. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) is a tool for aligning single-end and paired-end transcriptome reads. Both tools can use a database of

 * known splice sites and identify novel splice sites.
 * known single-nucleotide polymorphisms (SNPs).

GSNAP can align bisulfite-treated DNA.

Etiquetas: Campo: Biologia, field::biology:bioinformatics, field::biology:structural, Função: Programa, Propósito: Análise

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Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	11,077.9 kB	89,482.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	6,950.3 kB	58,950.0 kB	[lista de arquivos]
armel	5,407.5 kB	44,524.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	5,788.3 kB	42,476.0 kB	[lista de arquivos]
i386	6,086.9 kB	43,904.0 kB	[lista de arquivos]
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mipsel	5,324.2 kB	46,108.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	7,299.8 kB	60,998.0 kB	[lista de arquivos]