Pakiet: ragout (2.3-5)

[ Pakiet źródłowy: ragout  ]

Reference-Assisted Genome Ordering UTility

Ragout (Reference-Assisted Genome Ordering UTility) is a tool for chromosome-level scaffolding using multiple references. Given initial assembly fragments (contigs/scaffolds) and one or multiple related references (complete or draft), it produces a chromosome-scale assembly (as a set of scaffolds).

The approach is based on the analysis of genome rearrangements (like inversions or chromosomal translocations) between the input genomes and reconstructing the most parsimonious structure of the target genome.

Ragout now supports both small and large genomes (of mammalian scale and complexity). The assembly of highly polymorphic genomes is currently limited.

Inne pakiety związane z ragout

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, i386]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: python3-networkx

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

• dep: python3-six

  Python 2 and 3 compatibility library

• rec: sibelia

  comparative genomics tool

Pobieranie ragout

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	2 072,9 KiB	9 659,0 KiB	[lista plików]
arm64	2 063,0 KiB	9 663,0 KiB	[lista plików]
armel	2 063,8 KiB	9 629,0 KiB	[lista plików]
armhf	2 066,9 KiB	9 585,0 KiB	[lista plików]
i386	2 085,3 KiB	9 673,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2 072,5 KiB	9 801,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2 077,4 KiB	9 791,0 KiB	[lista plików]
s390x	2 075,7 KiB	9 683,0 KiB	[lista plików]