Pakiet: libseqlib-dev (1.2.0+dfsg-11 i inne)

[ Pakiet źródłowy: libseqlib  ]

C++ htslib/bwa-mem/fermi interface for interrogating sequence data (dev)

C++ API and command line tool that provides a rapid and user-friendly interface to BAM/SAM/CRAM files, global sequence alignment operations and sequence assembly. Four C libraries perform core operations in SeqLib: HTSlib for BAM access, BWA-MEM and BLAT for sequence alignment and Fermi for error correction and sequence assembly. Benchmarking indicates that SeqLib has lower CPU and memory requirements than leading C++ sequence analysis APIs. Minimal SeqLib code can extract, error-correct and assemble reads from a CRAM file and then align with BWA-MEM. SeqLib also provides additional capabilities, including chromosome-aware interval queries and read plotting. Command line tools are available for performing integrated error correction, micro-assemblies and alignment.

This package contains the header files and static library.

Znaczniki: Rozwój oprogramowania: Biblioteki, Rola: Biblioteka deweloperska

Inne pakiety związane z libseqlib-dev

• dep: libbwa-dev

  Burrows-Wheeler Aligner source files

• dep: libfml-dev

  development headers for libfml

• dep: libhts-dev

  development files for the HTSlib

• dep: libjsoncpp-dev

  library for reading and writing JSON for C++ (devel files)

• dep: libseqlib2 (= 1.2.0+dfsg-11+b1) [ia64]

  C++ htslib/bwa-mem/fermi interface for interrogating sequence data

  dep: libseqlib2 (= 1.2.0+dfsg-11+b2) [alpha, x32]

  dep: libseqlib2 (= 1.2.0+dfsg-11+b3) [nie alpha, ia64, x32]

• dep: libssw-dev

  Development headers and static libraries for libssw
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libssw-dev

• dep: libunwind8-dev [ia64]

  pakiet wirtualny udostępniany przez libunwind-dev

• dep: zlib1g-dev

  Biblioteka do kompresji danych - pliki deweloperskie

Pobieranie libseqlib-dev

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.2.0+dfsg-11+b2	231,2 KiB	1 610,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.2.0+dfsg-11+b3	216,1 KiB	1 182,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.2.0+dfsg-11+b3	203,7 KiB	1 185,0 KiB	[lista plików]
armel	1.2.0+dfsg-11+b3	204,6 KiB	1 076,0 KiB	[lista plików]
armhf	1.2.0+dfsg-11+b3	206,7 KiB	969,0 KiB	[lista plików]
i386	1.2.0+dfsg-11+b3	230,5 KiB	1 012,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.2.0+dfsg-11+b1	264,6 KiB	1 753,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.2.0+dfsg-11+b3	202,5 KiB	988,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.2.0+dfsg-11+b3	224,6 KiB	1 391,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.2.0+dfsg-11+b3	221,8 KiB	1 282,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.2.0+dfsg-11+b3	224,5 KiB	1 271,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.2.0+dfsg-11+b3	672,6 KiB	6 552,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.2.0+dfsg-11+b3	210,7 KiB	1 178,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.2.0+dfsg-11+b3	240,4 KiB	950,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.2.0+dfsg-11+b3	189,9 KiB	1 164,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.2.0+dfsg-11+b2	215,7 KiB	995,0 KiB	[lista plików]