Pakiet: concavity (0.1+dfsg.1-4)

[ Pakiet źródłowy: concavity  ]

predictor of protein ligand binding sites from structure and conservation

ConCavity predicts protein ligand binding sites by combining evolutionary sequence conservation and 3D structure.

ConCavity takes as input a PDB format protein structure and optionally files that characterize the evolutionary sequence conservation of the chains in the structure file.

The following result files are produced by default:

 * Residue ligand binding predictions for each chain (*.scores).
 * Residue ligand binding predictions in a PDB format file (residue
   scores placed in the temp. factor field, *_residue.pdb).
 * Pocket prediction locations in a DX format file (*.dx).
 * PyMOL script to visualize the predictions (*.pml).

Inne pakiety związane z concavity

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armhf, i386]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [nie armhf]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• sug: conservation-code

  protein sequence conservation scoring tool

• sug: pymol

  Molekularny system graficzny

Pobieranie concavity

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	289,1 KiB	582,0 KiB	[lista plików]
arm64	277,1 KiB	554,0 KiB	[lista plików]
armhf	265,7 KiB	422,0 KiB	[lista plików]
i386	302,6 KiB	629,0 KiB	[lista plików]