Pakiet: tvc (5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-2)

[ Pakiet źródłowy: tvc  ]

genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms

Torrent Variant Caller (TVC) is a genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms, and is specially optimized to exploit the underlying flow signal information in the statistical model to evaluate variants. Torrent Variant Caller is designed to call single-nucleotide polymorphisms (SNPs), multi-nucleotide polymorphisms (MNPs), insertions, deletions, and block substitutions.

Inne pakiety związane z tvc

• dep: libarmadillo9 (>= 1:9.200.6+dfsg)

  streamlined C++ linear algebra library

• dep: libbamtools2.5.1

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libblas3

  Implementacje Basic Linear Algebra Reference, biblioteka współdzielona

  lub libblas.so.3

  pakiet wirtualny udostępniany przez libatlas3-base, libblas3, libblis2-openmp, libblis2-pthread, libblis2-serial, libopenblas-base

• dep: libc6 (>= 2.27)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

  library for entropy measurement of byte streams

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, i386]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.5) [arm64]

• dep: libjsoncpp1 (>= 1.7.4)

  library for reading and writing JSON for C++

• dep: liblapack3

  Library of linear algebra routines 3 - shared version

  lub liblapack.so.3

  pakiet wirtualny udostępniany przez libatlas3-base, liblapack3, libopenblas-base

• dep: libsmithwaterman0 (>= 0.0+git20160702.2610e25)

  determine similar regions between two strings or genomic sequences (lib)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: python

  Interaktywny, wysokopoziomowy język obiektowy (wersja Python2)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie tvc

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	1 033,9 KiB	3 316,0 KiB	[lista plików]
arm64	966,0 KiB	3 117,0 KiB	[lista plików]
armhf	935,2 KiB	2 581,0 KiB	[lista plików]
i386	1 064,7 KiB	3 372,0 KiB	[lista plików]