Paquet : tvc (5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-2)

[ Paquet source : tvc  ]

genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms

Torrent Variant Caller (TVC) is a genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms, and is specially optimized to exploit the underlying flow signal information in the statistical model to evaluate variants. Torrent Variant Caller is designed to call single-nucleotide polymorphisms (SNPs), multi-nucleotide polymorphisms (MNPs), insertions, deletions, and block substitutions.

Autres paquets associés à tvc

• dep: libarmadillo9 (>= 1:9.200.6+dfsg)

  bibliothèque simplifiée d'algèbre linéaire en C++

• dep: libbamtools2.5.1

  bibliothèque dynamique de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)

• dep: libblas3

  implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée

  ou libblas.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, libblas3, libblis2-openmp, libblis2-pthread, libblis2-serial, libopenblas-base

• dep: libc6 (>= 2.27)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

  library for entropy measurement of byte streams

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, i386]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.5) [arm64]

• dep: libjsoncpp1 (>= 1.7.4)

  library for reading and writing JSON for C++

• dep: liblapack3

  bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée

  ou liblapack.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, liblapack3, libopenblas-base

• dep: libsmithwaterman0 (>= 0.0+git20160702.2610e25)

  determine similar regions between two strings or genomic sequences (lib)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python

  langage interactif de haut niveau orienté objet (version Python2)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1 033,9 ko	3 316,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	966,0 ko	3 117,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	935,2 ko	2 581,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1 064,7 ko	3 372,0 ko	[liste des fichiers]