Pakiet: spaln (2.4.1+dfsg-3)

[ Pakiet źródłowy: spaln  ]

splicing-aware transcript-alignment to genomic DNA

Spaln (space-efficient spliced alignment) is a stand-alone program that maps and aligns a set of cDNA or protein sequences onto a whole genomic sequence in a single job. It also performs spliced or ordinary alignment after rapid similarity search against a protein sequence database, if a genomic segment or an amino acid sequence is given as a query.

spaln supports a combination of protein sequence database and a given genomic segment and performs rapid similarity searches and (semi-)global alignments of a set of protein sequence queries against a protein sequence database. Spaln adopts multi-phase heuristics that makes it possible to perform the job on a conventional personal computer.

Inne pakiety związane z spaln

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [nie armel, armhf]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: spaln-data

  splicing-aware transcript-alignment to genomic DNA (data)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie spaln

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	345,1 KiB	855,0 KiB	[lista plików]
arm64	311,5 KiB	775,0 KiB	[lista plików]
armel	296,6 KiB	781,0 KiB	[lista plików]
armhf	303,3 KiB	589,0 KiB	[lista plików]
i386	349,5 KiB	881,0 KiB	[lista plików]
mips64el	330,2 KiB	955,0 KiB	[lista plików]
mipsel	323,5 KiB	895,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	360,1 KiB	1 120,0 KiB	[lista plików]
s390x	349,1 KiB	1 003,0 KiB	[lista plików]