Package: stacks (2.62+dfsg-1)

[ Source: stacks  ]

Datakanal for bygning af loci fra kort-læs DNA-sekvenser

Stacks er en programdatakanal for bygning af loci (specifik placering af et gen) fra kort-læs sekvenser, såsom dem oprettet på platformen Illumina. Stacks blev udviklet for at fungere med begrænsning af enzymbaserede data, såsom RAD-seq, med det formål at bygge genetiske kort og udføre forskning indenfor befolkningsgener og fylogeografi.

Bemærk at denne pakke installerer Stacks på en måde der gør, at alle kommandoer skal køres som: $ stacks <kommandonavn> <parametre>

Other Packages Related to stacks

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  databasegrænseflade til Perl (DBI)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, ppc64el]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  module to create Excel spreadsheets

• rec: littler

  GNU R-brugerflade for skript og kommandolinje - overgangspakke
  also a virtual package provided by r-cran-littler

• rec: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

Download stacks

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1,097.7 kB	5,453.0 kB	[list of files]
arm64	955.8 kB	5,203.0 kB	[list of files]
armel	923.7 kB	5,118.0 kB	[list of files]
armhf	947.0 kB	3,774.0 kB	[list of files]
i386	1,177.1 kB	5,834.0 kB	[list of files]
mips64el	1,042.4 kB	7,497.0 kB	[list of files]
mipsel	1,058.5 kB	6,945.0 kB	[list of files]
ppc64el	1,093.5 kB	6,931.0 kB	[list of files]
s390x	961.6 kB	5,715.0 kB	[list of files]