Пакунок: libseqlib2 (1.2.0+dfsg-11 and others)

[ Source: libseqlib  ]

C++ htslib/bwa-mem/fermi interface for interrogating sequence data

C++ API and command line tool that provides a rapid and user-friendly interface to BAM/SAM/CRAM files, global sequence alignment operations and sequence assembly. Four C libraries perform core operations in SeqLib: HTSlib for BAM access, BWA-MEM and BLAT for sequence alignment and Fermi for error correction and sequence assembly. Benchmarking indicates that SeqLib has lower CPU and memory requirements than leading C++ sequence analysis APIs. Minimal SeqLib code can extract, error-correct and assemble reads from a CRAM file and then align with BWA-MEM. SeqLib also provides additional capabilities, including chromosome-aware interval queries and read plotting. Command line tools are available for performing integrated error correction, micro-assemblies and alignment.

Tags: Role: Shared Library

Інші пакунки пов'язані з libseqlib2

• dep: libc6 (>= 2.33) [not armel, armhf]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [armel, armhf]

• dep: libfml0 (>= 0.1+git20190320.b499514)

  library for assembling Illumina short reads in small regions

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, riscv64]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libjsoncpp25 (>= 1.9.5)

  library for reading and writing JSON for C++

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [not armel, armhf]

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf]

Завантажити libseqlib2

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	1.2.0+dfsg-11+b1	167.7 kB	569.0 kB	[список файлів]
arm64	1.2.0+dfsg-11+b1	140.9 kB	468.0 kB	[список файлів]
armel	1.2.0+dfsg-11+b1	132.9 kB	431.0 kB	[список файлів]
armhf	1.2.0+dfsg-11+b1	135.8 kB	335.0 kB	[список файлів]
i386	1.2.0+dfsg-11+b1	174.9 kB	511.0 kB	[список файлів]
mips64el	1.2.0+dfsg-11+b1	140.6 kB	558.0 kB	[список файлів]
ppc64el	1.2.0+dfsg-11+b1	165.1 kB	597.0 kB	[список файлів]
riscv64	1.2.0+dfsg-11+b1	155.1 kB	404.0 kB	[список файлів]
s390x	1.2.0+dfsg-11+b1	154.8 kB	512.0 kB	[список файлів]