Package: sortmerna (4.3.7-2 and others)

[ Source: sortmerna  ]

strumento per filtraggio, mappatura e scelta di OTU per letture NGS

SortMeRNA è uno strumento per analisi di sequenze biologiche per filtrare, mappare e scegliere OTU per letture NGS. L'algoritmo centrale è basato su seed approssimati e permette analisi veloci e sensibili di sequenze nucleotidiche. L'applicazione principale di SortMeRNA è filtrare rRNA da dati di metatrascrittomica. Applicazioni aggiuntive includono la scelta di OTU e assegnamenti tassonomici disponibili attraverso QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1). SortMeRNA prende come input un file di letture (in formato fasta o fastq) e uno o più file di database di rRNA, e suddivide gli rRNA e le letture scartate in due file specificati dall'utente. Opzionalmente può fornire allineamenti locali di alta qualità di letture rRNA rispetto al database di rRNA. SortMeRNA funziona con dati Illumina, 454, Ion Torrent e PacBio, e può produrre allineamenti SAM e simili a BLAST.

Other Packages Related to sortmerna

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: librocksdb9.8 (>= 9.8.4)

  persistent Key-Value Store for Flash and RAM Storage

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: sse2-support [i386]

  verifica delle funzionalità della CPU - richiede SSE2

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  libreria di compressione - runtime

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	4.3.7-2+b1	572.2 kB	1,857.0 kB	[list of files]
i386	4.3.7-2+b1	586.3 kB	1,975.0 kB	[list of files]