Package: sortmerna (4.3.7-1 and others)

[ Source: sortmerna  ]

Værktøj til at filtrere, oversætte og OTU-udvælge NGS-læsninger

SortMerNA er et biologisk sekvensanalyseværktøj til at filtrere, oversætte og OTU-udvælge NGS-læsninger. Grundalgoritmen er baseret på tilnærmede seeds og muliggør hurtige og følsomme analyser af nukleotidsekvenser. Den vigtigste anvendelse af SortMeRNA er filtrering af rRNA fra metatranscriptomiske data. Yderligere applikationer omfatter OTU-plukning og taksonomitildeling til rådighed gennem QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1). SortMeRNA bruger som inddata en fil med læsninger (fasta- eller fastq- format) og en eller flere rRNA-databasefiler og sorterer rRNA og afviste læsninger væk i to filer specificeret af brugeren. Eventuelt kan det give lokale sammenligninger i høj kvalitet af rRNA-læsninger mod rRNA-databasen. SortMeRNA fungerer med Illumina-, 454-, Ion Torrent- og PacBio-data og kan fremstille SAM- og BLAST-lignende sammenligninger.

Other Packages Related to sortmerna

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: librocksdb9.3 (>= 9.3.1)

  persistent Key-Value Store for Flash and RAM Storage

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: sse2-support [i386]

  Cpu-funktionskontrol - require SSE2

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download sortmerna

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	4.3.7-1+b2	571.9 kB	1,853.0 kB	[list of files]
i386	4.3.7-1+b2	585.2 kB	1,971.0 kB	[list of files]