Package: libbio-samtools-perl (1.43-5 and others)

[ Source: libbio-samtools-perl  ]

interfaccia Perl alla libreria SamTools per sequenziamento di DNA

Bio::SamTools fornisce un'interfaccia Perl alla libreria libbam per database di allineamenti di sequenze SAM/BAM indicizzati e non indicizzati. Fornisce il supporto per il recupero di informazioni su allineamenti singoli, coppie di letture e informazioni sulla copertura degli allineamenti su grandi regioni. Fornisce anche funzionalità di callback per rilevare SNP ed effettuare altre funzioni base-per-base. La maggior parte delle operazioni è compatibile con l'interfaccia BioPerl Bio::SeqFeatureI, permettendo di utilizzare file BAM come backend per l'applicazione per navigazione di genomi GBrowse.

Tags: Software Development: Perl Development, Libraries, Implemented in: implemented-in::c, implemented-in::perl, Role: Development Library, Shared Library

Other Packages Related to libbio-samtools-perl

• dep: libbio-perl-perl

  moduli Perl centrali di BioPerl

• dep: libc6 (>= 2.15) [sparc64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: perl (>= 5.22.1-7) [sparc64]

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

  dep: perl (>= 5.38.2-3.2) [ia64]

  dep: perl (>= 5.40.0-6) [not ia64, sparc64]

• dep: perlapi-5.22.1 [sparc64]

  Package not available

• dep: perlapi-5.38.2 [ia64]

  virtual package provided by perl-base

• dep: perlapi-5.40.0 [not ia64, sparc64]

  virtual package provided by perl-base

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  libreria di compressione - runtime

• enh: gbrowse

  browser generico per genoma di GMOD

• enh: samtools

  elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

Download libbio-samtools-perl

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.43-5+b1	182.1 kB	746.0 kB	[list of files]
amd64	1.43-5+b1	177.2 kB	587.0 kB	[list of files]
arm64	1.43-5+b1	166.2 kB	615.0 kB	[list of files]
armel	1.43-5+b1	162.1 kB	549.0 kB	[list of files]
armhf	1.43-5+b1	161.3 kB	449.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.43-5+b1	176.8 kB	632.0 kB	[list of files]
i386	1.43-5+b1	187.4 kB	621.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.43-5	206.8 kB	990.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.43-5+b1	163.0 kB	541.0 kB	[list of files]
mips64el	1.43-5+b1	165.3 kB	699.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.43-5+b1	182.6 kB	743.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.43-5+b1	184.7 kB	743.0 kB	[list of files]
riscv64	1.43-5+b1	179.4 kB	527.0 kB	[list of files]
s390x	1.43-5+b1	171.4 kB	607.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.43-5+b1	181.0 kB	614.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.43-1	174.3 kB	616.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.43-5+b1	177.5 kB	569.0 kB	[list of files]