パッケージ: libbio-samtools-perl (1.43-5 など)

[ ソース: libbio-samtools-perl  ]

Perl interface to SamTools library for DNA sequencing

Bio::SamTools provides a Perl interface to the libbam library for indexed and unindexed SAM/BAM sequence alignment databases. It provides support for retrieving information on individual alignments, read pairs, and alignment coverage information across large regions. It also provides callback functionality for calling SNPs and performing other base-by-base functions. Most operations are compatible with the BioPerl Bio::SeqFeatureI interface, allowing BAM files to be used as a backend to the GBrowse genome browser application.

タグ: ソフトウェア開発: Perl での開発, ライブラリ, 実装言語: implemented-in::c, implemented-in::perl, 役割: 開発ライブラリ, 共有ライブラリ

その他の libbio-samtools-perl 関連パッケージ

• dep: libbio-perl-perl

  BioPerl core perl modules

• dep: libc6 (>= 2.15) [sparc64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, sh4, sparc64 以外]

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: perl (>= 5.22.1-7) [sparc64]

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

  dep: perl (>= 5.38.2-3.2) [ia64]

  dep: perl (>= 5.40.0-6) [ia64, sparc64 以外]

• dep: perlapi-5.22.1 [sparc64]

  パッケージは利用できません

• dep: perlapi-5.38.2 [ia64]

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: perl-base

• dep: perlapi-5.40.0 [ia64, sparc64 以外]

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: perl-base

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

• enh: gbrowse

  GMOD Generic Genome Browser

• enh: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

libbio-samtools-perl のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	1.43-5+b1	182.1 kB	746.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	1.43-5+b1	177.2 kB	587.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.43-5+b1	166.2 kB	615.0 kB	[ファイル一覧]
armel	1.43-5+b1	162.1 kB	549.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	1.43-5+b1	161.3 kB	449.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	1.43-5+b1	176.8 kB	632.0 kB	[ファイル一覧]
i386	1.43-5+b1	187.4 kB	621.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	1.43-5	206.8 kB	990.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	1.43-5+b1	163.0 kB	541.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	1.43-5+b1	165.3 kB	699.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	1.43-5+b1	182.6 kB	743.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.43-5+b1	184.7 kB	743.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	1.43-5+b1	179.4 kB	527.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	1.43-5+b1	171.4 kB	607.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	1.43-5+b1	181.0 kB	614.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	1.43-1	174.3 kB	616.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	1.43-5+b1	177.5 kB	569.0 kB	[ファイル一覧]