Package: bowtie2 (2.5.4-1 and others)

[ Source: bowtie2  ]

allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente

Uno strumento ultraveloce che usa la memoria in maniera efficiente per allineare letture di sequenziamento a sequenze lunghe di riferimento. È particolarmente adatto per allineare letture da circa 50 fino a centinaia o migliaia di caratteri e particolarmente adatto per allineare a genomi relativamente lunghi (es. mammiferi).

Bowtie 2 indicizza il genoma con un indice FM per mantenere bassa l'impronta di memoria: per il genoma umano, la sua impronta di memoria è tipicamente intorno a 3,2 GB. Bowtie 2 gestisce le modalità di allineamento con gap, locali e a estremità accoppiate.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, User Interface: Command Line, Role: role::program, use::comparing, Works with: Biological Sequence

Other Packages Related to bowtie2

• dep: libc6 (>= 2.29) [m68k]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.33) [ppc64, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not amd64, ia64, m68k, sh4]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  libreria di supporto a GCC

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  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [not ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [m68k, sh4]

• dep: libunwind8 [ia64]

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• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  libreria di compressione - runtime

• sug: bowtie2-examples

  esempi per bowtie2

Download bowtie2

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	2.5.4-1	1,614.6 kB	6,356.0 kB	[list of files]
amd64	2.5.4-1+b1	1,472.3 kB	5,941.0 kB	[list of files]
arm64	2.5.4-1+b1	1,370.2 kB	5,321.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	2.5.1-1	2,341.5 kB	11,597.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	2.4.2-2+b1	1,202.1 kB	5,463.0 kB	[list of files]
mips64el	2.5.4-1+b1	1,416.1 kB	6,186.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	2.4.5-1	1,346.4 kB	5,825.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.5.4-1+b1	1,520.0 kB	6,025.0 kB	[list of files]
riscv64	2.5.4-1+b1	1,638.7 kB	4,725.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	2.4.2-2+b1	1,683.6 kB	4,651.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	2.4.5-1	1,197.3 kB	5,155.0 kB	[list of files]