Paket: bowtie2 (2.5.4-1 und andere)

[ Quellcode: bowtie2  ]

Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen

Bowtie 2 ist ein ultraschnelles und speichersparendes Werkzeug für Alignment zwischen kurzen DNA-Sequenzen (Reads) zu langen Referenzsequenzen. Es ist besonders gut beim Ausrichten von Reads von etwa 50 bis Hunderte oder Tausende Zeichen und besonders gut beim Ausrichten an relativ großen Genomen (z.B. von Säugetieren).

Bowtie 2 indiziert das Genom mit einem FM-Index, um den Speicherbedarf gering zu halten; für das menschliche Genom beträgt der Speicherbedarf etwa 3,2 GB. Bowtie 2 unterstützt Modi für Gaps sowie lokale und »Paired-End«-Alignments.

Markierungen: Biologie: Nukleinsäuren, Feld: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: role::program, use::comparing, Arbeitet mit: Biologische Sequenz

Andere Pakete mit Bezug zu bowtie2

• dep: libc6 (>= 2.29) [m68k]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.33) [ppc64, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht amd64, ia64, m68k, sh4]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libstdc++6 (>= 11) [ppc64, sparc64]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nicht ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [m68k, sh4]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• sug: bowtie2-examples

  Examples for bowtie2

bowtie2 herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	2.5.4-1	1.614,6 kB	6.356,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	2.5.4-1+b1	1.472,3 kB	5.941,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	2.5.4-1+b1	1.370,2 kB	5.321,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	2.5.1-1	2.341,5 kB	11.597,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	2.4.2-2+b1	1.202,1 kB	5.463,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	2.5.4-1+b1	1.416,1 kB	6.186,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	2.4.5-1	1.346,4 kB	5.825,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	2.5.4-1+b1	1.520,0 kB	6.025,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	2.5.4-1+b1	1.638,7 kB	4.725,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	2.4.2-2+b1	1.683,6 kB	4.651,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	2.4.5-1	1.197,3 kB	5.155,0 kB	[Liste der Dateien]