Package: khmer (2.1.2+dfsg-6)

[ Source: khmer  ]

attraversamento grafi, filtri e conteggi in memoria di k-meri in sequenze di DNA

khmer è una libreria e una suite di strumenti a riga di comando per lavorare con sequenze di DNA. È principalmente mirata ai dati di sequenziamento con letture corte, come quelli prodotti dalla piattaforma Illumina. khmer ha un approccio alla analisi di sequenze centrato sui k-meri, e da questo deriva il suo nome.

Tags: Biology: Fasta/Pearson, Nucleic Acids, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, implemented-in::python, User Interface: Command Line, Role: role::program, use::analysing, Purpose: Comparing, Filtering

Other Packages Related to khmer

• dep: cython3 (>= 0.26.1)

  estensioni C per Python 3

• dep: khmer-common

  file comuni per gli strumenti del progetto khmer

• dep: libbz2-1.0

  libreria compressione file a ordinamento blocchi di alta qualità - runtime

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [arm64]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [amd64]

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

  dep: python3 (<< 3.8)

  dep: python3 (>= 3.7~)

• dep: python3-bz2file

  libreria Python 3 per leggere e scrivere file compressi bzip2

• dep: python3-screed (>= 1.0)

  utilità per sequenze di letture di nucleotidi corte in Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4)

  libreria di compressione - runtime

Download khmer

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	6,488.5 kB	29,563.0 kB	[list of files]
arm64	6,408.0 kB	29,286.0 kB	[list of files]