Pacote: khmer (2.1.2+dfsg-6)

[ Fonte: khmer  ]

in-memory DNA sequence kmer counting, filtering & graph traversal

khmer is a library and suite of command line tools for working with DNA sequence. It is primarily aimed at short-read sequencing data such as that produced by the Illumina platform. khmer takes a k-mer-centric approach to sequence analysis, hence the name.

Etiquetas: Biologia: Fasta/Pearson, Ácidos nucleicos, Campo: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implementado em: implemented-in::c++, implemented-in::python, Interface de usuário(a): Linha de comando, Função: role::program, use::analysing, Propósito: Comparação, Filtro

Outros pacotes relacionados a khmer

• dep: cython3 (>= 0.26.1)

  extensões-C para Python 3

• dep: khmer-common

  common files for the khmer project tools

• dep: libbz2-1.0

  bib. de alta qualid. de compactação de arqs. bas. em ordenação de blocos - exec

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [arm64]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [amd64]

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.8)

  dep: python3 (>= 3.7~)

• dep: python3-bz2file

  Python3 library for reading and writing bzip2-compressed files

• dep: python3-screed (>= 1.0)

  short nucleotide read sequence utils in Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

Download de khmer

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	6,488.5 kB	29,563.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	6,408.0 kB	29,286.0 kB	[lista de arquivos]