[ Source: debian-med ]
Package: med-bio (3.3)
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- architettura di rete neurale per snapfun
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- selezione di modelli di best-fit per evoluzione di proteine
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- ChIP-based identifcation of TF binding sites
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- lavorare con file GFF e GTF in un'infrastruttura a database flessibile
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- toolkit per elaborare sequenze di cellule B e T
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- linguaggio per espressioni biologiche
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- SeQuencing Tools for biological DNA/RNA high-throughput data
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- script ausiliari per l'analizzatore di Variant Call Format (VCF)
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- controllo di qualità di sequenze genomiche
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- insieme di strumenti per scoperta e analisi di QTL molecolari
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- QUality Optimized Reads di sequenze genomiche
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- visualizzazione interattiva di macromolecole
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- oggetti stringa di GNU R che rappresentano sequenze biologiche
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- rec: r-bioc-bitseq
- transcript expression inference and analysis for RNA-seq data
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- rec: r-bioc-cner
- rilevazione e visualizzazione di CNE
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- rec: r-bioc-cummerbund
- strumento per l'analisi dell'output RNA-Seq di Cufflinks
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- rec: r-bioc-deseq2
- pacchetto R per analisi RNA-Seq di espressione differenziale
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- rec: r-bioc-dnacopy
- R package: DNA copy number data analysis
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- rec: r-bioc-ebseq
- pacchetto R per analisi RNA-Seq di espressione differenziale
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- rec: r-bioc-genefilter
- metodi per filtrare geni da esperimenti con microarray
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- rec: r-bioc-geneplotter
- pacchetto R di funzioni per disegnare dati genomici
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- rec: r-bioc-gviz
- disegno di dati e informazioni di annotazioni vicino a coordinate genomiche
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- pacchetto GNU R per visualizzare dati vettoriali lunghi
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- imputazione per dati di microarray
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- rec: r-bioc-limma
- modelli lineari per dati di microarray
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- rec: r-bioc-mergeomics
- Integrative network analysis of omics data
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- rec: r-bioc-metagenomeseq
- analisi statistiche per GNU R per sequenziamento sparso ad alte prestazioni
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- rec: r-bioc-pcamethods
- BioConductor collection of PCA methods
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- rec: r-bioc-phyloseq
- gestione ed analisi per GNU R di dati di censimenti di microbiomi ad alte prestazioni
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- rec: r-bioc-rtracklayer
- interfaccia GNU R per navigatori di genomi e loro tracce di annotazione
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- rec: r-bioc-tfbstools
- GNU R Transcription Factor Binding Site (TFBS) Analysis
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- analisi esplorative di GNU R per dati genetici e genomici
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- analisi esplorative per GNU R per il metodo di confronto filogenetico
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- pacchetto GNU R per analisi su filogenesi ed evoluzione
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- pacchetto GNU R per analisi di linkage dei marcatori genetici
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- Species Distribution Modelling Tools
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- recupero e analisi di sequenze biologiche per GNU R
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- Immunoglobulin Somatic Hypermutation Analysis
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- rec: r-cran-tcr
- Advanced Data Analysis of Immune Receptor Repertoires
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- rec: r-cran-tigger
- Infers new Immunoglobulin alleles from Rep-Seq Data
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- rec: r-cran-treescape
- esplorazione statistica con GNU R di panorami di alberi filogenetici
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- pacchetto per ecologia delle comunità per R
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- rec: r-other-hms-dbmi-spp
- virtual package provided by r-cran-spp
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- pacchetto GNU R per mappatura fine di malattie complesse
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- consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads
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- rec: radiant
- esplora dati gerarchici di metagenomi con grafici a torta con zoom
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- rec: rambo-k
- Read Assignment Method Based On K-mers
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- rec: rampler
- modulo per campionare sequenze genomiche
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- rec: rapmap
- rapid sensitive and accurate DNA read mapping via quasi-mapping
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- rec: rasmol
- visualizza macromolecole biologiche
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- rec: raster3d
- strumenti per generare immagini di proteine o di altre molecole
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- rec: rate4site
- rilevatore di siti amminoacidici conservati
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- RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) di alberi filogenetici
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- de novo genome assemblies of next-gen sequencing data
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- pacchetto di strumenti di allineamento del Ribosomal Database Project (RDP)
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- extensible sequence classifier for fungal lsu, bacterial and archaeal 16s
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- lettura e scrittura di sequenze RDP (Ribosomal Database Project)
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- rec: readseq
- conversione tra formati di sequenze
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- rec: reapr
- strumento universale per valutazione di assemblaggi genomici
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- rec: relion-bin
- toolkit per ricostruzioni 3D in microscopia crio-elettronica
- or relion-bin+mpi
- toolkit parallelo per ricostruzioni 3D in microscopia crio-elettronica
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- rec: relion-bin+gui
- toolkit parallelo per ricostruzioni 3D in microscopia crio-elettronica
- or relion-bin+mpi+gui
- toolkit parallelo per ricostruzioni 3D in microscopia crio-elettronica
-
- rec: repeatmasker-recon
- trova famiglie di ripetizioni in sequenze biologiche
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- rec: reprof
- strumento per predire struttura secondaria e accessibilità di proteine
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- rec: rna-star
- allineatore universale e ultraveloce di sequenziamento di RNA
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- rec: rnahybrid
- predizione veloce ed efficace di doppiette microRNA/obiettivo
-
- rec: roary
- catena di strumenti autonoma ad alta velocità per pan-genomi
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- rec: roguenarok
- algoritmo versatile e scalabile per identificazione di taxa sconosciuti
-
- rec: rsem
- RNA-Seq tramite Expectation-Maximization
-
- rec: rtax
- classificazione di letture di sequenze di geni per RNA ribosomiale 16S
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- rec: runcircos-gui
- strumento GUI per eseguire Circos
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- rec: saint
- Significance Analysis of INTeractome - analisi di significato di interactomi
-
- rec: salmon
- wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data
-
- rec: samblaster
- marks duplicates, extracts discordant/split reads
-
- rec: samtools
- elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM
-
- rec: scoary
- studi di associazione per intero pangenoma
-
- rec: scrm
- simulatore di evoluzione di sequenze genetiche
-
- rec: scythe
- strumento bayesiano di taglio di adattatori per letture di sequenze
-
- rec: seaview
- interfaccia multipiattaforma per l'allineamento di sequenze e filogenia
-
- rec: seer
- analisi di arricchimento di elementi di sequenze genomiche (k-meri)
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- rec: segemehl
- short read mapping with gaps
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- rec: seqan-apps
- libreria C++ per l'analisi di sequenze biologiche
-
- rec: seqmagick
- interfaccia simile a imagemagick per Biopython SeqIO
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- rec: seqprep
- rimozione di adattatori e/o unione di letture accoppiate di sequenze di DNA con sovrapposizioni
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- rec: seqsero
- serotipizzazione di Salmonella da dati di sequenziamento del genoma
-
- rec: seqtk
- strumento veloce e leggero per elaborare sequenze in formato FASTA o FASTQ
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- rec: sga
- assemblatore de novo di genoma che usa grafi di stringhe
-
- rec: sibsim4
- allinea sequenze RNA espresse su un modello DNA
-
- rec: sickle
- windowed adaptive trimming tool for FASTQ files using quality
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- rec: sigma-align
- semplici allineamenti multipli "greedy" di sequenze di DNA non codificante
-
- rec: sim4
- strumento per allineare cDNA e DNA genomico
-
- rec: sim4db
- batch spliced alignment of cDNA sequences to a target genome
-
- rec: smalr
- interrogation of the methylation status of nucleotide sequencing reads
-
- rec: smalt
- strumento per mappatura e allineamento di sequenze
-
- rec: smithwaterman
- determina regioni simili tra due stringhe o sequenze genomiche
-
- rec: snap
- posizione di geni da sequenze di DNA con modelli di Markov nascosti
-
- rec: snap-aligner
- programma scalabile per allineamento di nucleotidi
-
- rec: sniffles
- strumento per identificare varianti strutturali usando sequenziamento di terza generazione
-
- rec: snp-sites
- codice binario per il pacchetto snp-sites
-
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- software per mappatura di letture corte veloce e stringente
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- allineatore di letture corte di sequenziatori di prossima generazione
-
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- metodo per assemblaggio di letture corte per costruire assemblati bozza de novo
-
- rec: soapdenovo2
- metodo per assemblaggio di letture corte per costruire assemblati bozza de novo
-
- rec: soapsnp
- utilità di risequenziamento che può assemblare sequenze di consenso di genomi
-
- rec: sortmerna
- strumento per filtraggio, mappatura e scelta di OTU per letture NGS
-
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- alignment-free sequence comparison using spaced words
-
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- assemblatore di genomi per singola-cellula e insiemi di dati di isolati
-
- rec: spoa
- SIMD partial order alignment tool
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- rec: sprai
- single-pass sequencing read accuracy improver
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- analizza e visualizza ricostruzioni filogeografiche
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- rec: squizz
- convertitore per sequenze e allineamenti generici
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- utilità per Sequence Read Archive di NCBI
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- rec: srst2
- tipizzazione di sequenze di letture corte per batteri patogeni
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- rec: ssake
- applicazione genomica per assemblare milioni di cortissime sequenze di DNA
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- rec: sspace
- scaffolding pre-assembled contigs after extension
-
- rec: ssw-align
- Smith-Waterman aligner based on libssw
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- pipeline for building loci from short-read DNA sequences
-
- rec: staden
- strumenti per assemblaggio (Gap4/Gap5), modifica e analisi di sequenze di DNA
-
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- programmi per manipolare file di sequenziamento del DNA
-
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- toolkit per elaborare dati di sequenziamento di nuova generazione
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- categorize each suite in an RNA backbone
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- raggruppamento veloce in cluster di sequenze genomiche
-
- rec: sumatra
- confronto e raggruppamento in cluster di sequenze veloci ed esatti
-
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- Phylogenetic Tree Summarization and Annotation
-
- rec: surankco
- assegnazione supervisionata di ranghi ai contig in assemblaggi de novo
-
- rec: swarm
- metodo robusto e veloce per raggruppamento in cluster per studi basati su ampliconi
-
- rec: sweed
- valutazione degli SNP per il loro vantaggio evoluzionistico
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- rec: t-coffee
- allineamento di sequenze multiple
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- rec: tabix
- indicizzatore generico per file di posizioni del genoma delimitate da TAB
-
- rec: tantan
- mascheratore di complessità bassa e ripetizioni tandem per biosequenze
-
- rec: theseus
- sovrappone macromolecole usando la massima verosimiglianza
-
- rec: tigr-glimmer
- rilevamento di geni in archibatteri e batteri
-
- rec: tm-align
- allineamento strutturale di proteine
-
- rec: tnseq-transit
- statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions
-
- rec: toil
- motore per flusso di lavoro multipiattaforma
-
- rec: tophat
- veloce mappatore di giunzioni di splice per letture RNA-Seq
-
- rec: topp
- insieme di programmi che implementano TOPP (The OpenMS Proteomic Pipeline)
-
- rec: toppred
- predizione della topologia transmembrana
-
- rec: trace2dbest
- bulk submission of chromatogram data to dbEST
-
- rec: tracetuner
- interpretation of DNA Sanger sequencing data
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- rec: transdecoder
- find coding regions within RNA transcript sequences
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- rec: transrate-tools
- ausilio per transrate
-
- rec: transtermhp
- trova terminatori di trascrizione indipendenti da rho in genomi batterici
-
- rec: tree-puzzle
- ricostruzione di alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza
- or tree-ppuzzle
- ricostruzione in parallelo di alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza
-
- rec: treeview
- re-implementazione in Java di TreeView di Michael Eisen
-
- rec: treeviewx
- visualizza e stampa alberi filogenetici
-
- rec: trimmomatic
- strumento flessibile per il taglio di letture per i dati NGS di Illumina
-
- rec: trinityrnaseq
- assemblati de novo di RNA-Seq
-
- rec: tvc
- strumento per identificare varianti per le piattaforme di sequenziamento Ion Torrent
-
- rec: uc-echo
- algoritmo a correzione di errore progettato per letture corte per NGS
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- generate and process accurate consensus nucleotide sequences
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- rec: unicycler
- hybrid assembly pipeline for bacterial genomes
-
- rec: varna
- applet per visualizzazione di RNA
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- raccolta di strumenti per lavorare con file VCF
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- assemblatore di sequenze di acidi nucleici da sequenze molto corte
- or velvet-long
- assemblatore di sequenze di acidi nucleici da sequenze molto corte, versione lunga
-
- rec: velvetoptimiser
- ottimizza automaticamente i parametri per assemblaggio de novo di Velvet
-
- rec: viewmol
- interfaccia grafica per programmi di chimica computazionale
-
- rec: vsearch
- strumento per elaborare sequenze metagenomiche
-
- rec: wigeon
- reimplementazione dell'utilità Pintail di rilevazione di anomalie nel DNA 16S
-
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- confronto tra biopolimeri, come DNA e sequenze proteiche
-
- rec: yaha
- find split-read mappings on single-end queries
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- allineamento locale parallelo di sequenze biologiche
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- Package not available
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- simulatore molecolare per GNUstep (GUI)
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- Package not available
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- phylogenetic sequence analysis suite - main program
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- blocks database improved searcher
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- simulazioni di reazioni chimiche
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- Package not available
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- Reimplementation of the Eisen-clustering software
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- Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq
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- alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads
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- EMBOSS conversions of the programs in the phylip package
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- GUI basata su web per EMBOSS
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- gestione di database esterni
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- infrastruttura logica ad alte prestazioni
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- strumento di predizione di termini Gene Ontology da sequenze proteiche - dati n.2
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- Python-based Visual Programming Environment
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- descrizioni dei programmi per il portale mobyle
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- tutorial di programmi per il portale mobyle
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- Package not available
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- sug: r-bioc-annotationhub
- client GNU R per accedere a risorse AnnotationHug
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- sug: r-bioc-aroma.light
- BioConductor methods normalization and visualization of microarray data
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- sug: r-bioc-ensembldb
- utilità per GNU R per creare e usare un database di annotazioni basato su Ensembl
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- annotation maps describing the entire Gene Ontology
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- analisi di file SAV di Illumina per GNU R
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- sug: r-cran-boolnet
- assemblaggio, analisi e visualizzazione di reti booleane
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- sug: r-cran-forecast
- Package not available
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- sug: r-cran-pheatmap
- pacchetto GNU R per creare belle mappe di calore
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- sug: r-cran-qqman
- pacchetto R per visualizzare i risultati di GWAS usando grafi Q-Q e Manhattan
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- interfaccia GNU R all'API EUtils di NCBI
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- Package not available
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- sug: sailfish
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- Package not available
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- Package not available
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- sug: science-workflow
- sistemi di gestione dei flussi di lavoro per ricerca scientifica
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- simulate the evolution of nucleotide or amino acid sequences
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- Package not available
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- Package not available
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- predicts if a substitution in a protein has a phenotypic effect
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- arranges water molecules around protein structures
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- detection of transfer RNA genes in genomic sequence
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