Package: conservation-code (20110309.0-7)

[ Source: conservation-code  ]

strumento per punteggio di conservazione per le sequenze di proteine

Questo pacchetto fornisce score_conservation(1), uno strumento per assegnare punteggi alla conservazione di sequenze di proteine.

Sono implementati i seguenti metodi di assegnazione di punteggi di conservazione:

 * somma di coppie;
 * somma di coppie pesata;
 * entropia di Shannon;
 * entropia di Shannon con raggruppamenti di proprietà (Mirny e Shakhnovich
   1995, Valdar e Thornton 2001);
 * entropia relativa con raggruppamenti di proprietà (Williamson 1995);
 * entropia di von Neumann (Caffrey et al 2004);
 * entropia relativa (Samudrala e Wang 2006);
 * divergenza di Jensen-Shannon (Capra e Singh 2007).

È anche fornita un'estensione basata su finestra, che incorpora la conservazione stimata di residui adiacenti sulla sequenza nel punteggio per ogni colonna. Questo approccio con finestra verrà applicato a qualsiasi metodo di punteggio della conservazione.

Il programma accetta allineamenti nei formati CLUSTAL e FASTA.

L'output specifico per sequenza può essere utilizzato come input di conservazione per concavity.

La conservazione è altamente predittiva nell'identificare siti catalitici e residui vicini a ligandi legati.

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