Package: stacks (2.2+dfsg-1)

[ Source: stacks  ]

catena di elaborazione dati per costruire loci da sequenze di letture brevi di DNA

Stacks è una catena di software per elaborazione dati per costruire loci da sequenze di letture brevi di DNA, come quelle generate sulla piattaforma Illumina. Stacks è stato sviluppato per lavorare con dati basati su enzimi di restrizione, come RAD-seq, con lo scopo di costruire mappe genetiche e condurre genomica delle popolazioni e filogeografia.

Notare che questo pacchetto installa Stacks in modo che tutti i comandi devono essere eseguiti come: $ stacks <NOME_COMANDO> <ARGOMENTI>

Other Packages Related to stacks

• dep: libc6 (>= 2.17)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  Perl Database Interface (DBI)

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libhts2 (>= 1.0)

  libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: python

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione Python 2)

• dep: samtools

  elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  libreria di compressione - runtime

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  modulo per creare fogli di calcolo Excel

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	927.4 kB	4,887.0 kB	[list of files]