Paket: stacks (2.2+dfsg-1)

[ Quellcode: stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Andere Pakete mit Bezug zu stacks

• dep: libc6 (>= 2.17)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  Perl Database Interface (DBI)

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhts2 (>= 1.0)

  C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: python

  Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python2-Version)

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  Modul für die Erzeugung von Excel-Tabellen

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	927,4 kB	4.887,0 kB	[Liste der Dateien]