Pakiet: stacks (2.2+dfsg-1)

[ Pakiet źródłowy: stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Inne pakiety związane z stacks

• dep: libc6 (>= 2.17)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  Interfejs bazodanowy Perl (DBI)

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhts2 (>= 1.0)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: python

  Interaktywny, wysokopoziomowy język obiektowy (wersja Python2)

• dep: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  module to create Excel spreadsheets

Pobieranie stacks

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	927,4 KiB	4 887,0 KiB	[lista plików]