Пакунок: stacks (2.2+dfsg-1)

[ Source: stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Інші пакунки пов'язані з stacks

• dep: libc6 (>= 2.17)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  Perl-інтерфес до базданих (DBI)

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Підтримувальна бібліотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhts2 (>= 1.0)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: python

  Інтерактивна об'єктно-орієнтована мова високого рівня (гілка 2.x)

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  module to create Excel spreadsheets

Завантажити stacks

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	927.4 kB	4,887.0 kB	[список файлів]