Package: toppred (1.10-10)
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predizione della topologia transmembrana
Toppred è un programma per determinare la topologia di una proteina transmembrana basandosi sull'algoritmo di G. von Heijne.
Ciascuna sequenza dai dati di sequenziamento in formato fasta è elaborata e toppred genera il profilo Hydrophobycity della sequenza e i corrispondenti valori di idrofobicità nel file sequence-ID.hydro.
Inoltre, le topologie predette sono rappresentate come immagini PNG. Ciascuna topologia è memorizzata nel file sequence-ID-number.png.
Il profilo di idrofobicità è calcolato usando una finestra formata da una finestra centrale rettangolare di dimensione n, affiancata da 2 finestre triangolari di dimensione q. N.B.: rettangolare e triangolare indicano che i valori di ponderazione all'interno di tali finestre sono rispettivamente costanti e variabili.
Questo programma è una nuova implementazione del programma toppred originale, basato sull'algoritmo di G. von Heijne.
Other Packages Related to toppred
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: libgd3 (>= 2.1.0~alpha~)
- libreria grafica GD
Download toppred
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| amd64 | 43.4 kB | 213.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 41.6 kB | 228.0 kB | [list of files] |
| armel | 42.8 kB | 228.0 kB | [list of files] |
| armhf | 40.4 kB | 228.0 kB | [list of files] |
| i386 | 44.2 kB | 212.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 42.9 kB | 232.0 kB | [list of files] |
| mipsel | 42.7 kB | 230.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 45.7 kB | 229.0 kB | [list of files] |
| s390x | 41.4 kB | 208.0 kB | [list of files] |